SYSTEMS AND METHODS FOR ENGINEERING NUCLEIC ACID CONSTRUCTS USING SCORING TECHNIQUES

• Main Authors: ERIK JEDEDIAH DEAN, CHRISTOPHER DOLAN, DARREN M. PLATT, SUNIL S. CHANDRAN, BRIAN L. HAWTHORNE, MICHAEL W. BISSELL
• Format: Patent
• Language: English; Spanish
• Published: 23.03.2015
• Subjects: INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; PHYSICS

Systems and methods are provided for defining a nucleic acid construct for integration at locus L of an organism. Nucleic acid requests are received, each such request specifying a genetic change to L. The request are expanded into component polynucleotides which are then arranged into {AR1, . . . , ARm} different arrangements, each ARi in {AR1, . . . , ARm} defining a different arrangement of the component polynucleotides. A score Si for each ARi in {AR1, . . . , ARm} is determined based on whether source constructs encoding a portion of ARi are physically present. An ARf in {AR1, . . . , ARm} is selected based on the score for ARf. Primer pairs are calculated to amplify the portions of ARf not represented in the source constructs. The portions of ARf amplified by the primer pairs and the portions of ARf in the source constructs, ordered by ARf, define the nucleic acid construct. Se proporcionan sistemas y métodos para definir un constructo de ácido nucleico para la integración en el locus L de un organismo. Se reciben solicitudes de ácidos nucleicos, cada solicitud específica un cambio genético en L, se expande en polinucleótidos componentes. En algunas modalidades, los polinucleótidos componentes se arreglan en diferentes arreglos {AR1, . .., ARm}, cada ARi en {AR1, . .., ARm} define un arreglo diferente de polinucleótidos componentes. En algunas modalidades, una puntuación de Si para cada ARi en {AR1, ..., AR} se determina con base en si los constructos fuente que codifican una porción de ARi están presentes físicamente. En algunas modalidades, un ARf en {AR1, .., ARm) se selecciona con base en la puntuación para ARf. En algunas modalidades, los pares de cebadores se calculan para amplificar las porciones de ARf que no se representan en los constructos fuente. En algunas modalidades, las porciones de ARf amplificadas por los pares de cebadores y las porciones de ARf en los constructos fuente, ordenados por ARf, definen el constructo de ácidos nucleicos.