뉴클레오티드 염기 호출을 결정하기 위한 클러스터별 신호 교정 생성

• Main Authors: LU BO, VIECELI JOHN S, OJARD ERIC JON, PARNABY GAVIN DEREK, MEHIO RAMI
• Format: Patent
• Language: Korean
• Published: 29.07.2024
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

본 개시는 올리고뉴클레오티드의 특정 클러스터에 대한 페이징 및 사전 페이징의 효과를 정확하고 효율적으로 추정하고 클러스터에 대한 클러스터별 페이징 교정을 결정하는 방법, 시스템 및 비일시적 컴퓨터 판독 가능 매체의 실시예를 설명한다. 예를 들어, 개시된 시스템은 페이징 또는 사전 페이징을 자주 유발하는 오류 유발 서열을 나타내는 올리고뉴클레오티드의 클러스터를 동적으로 식별할 수 있다. 개시된 시스템이 그러한 오류 유발 서열을 따르는 판독 위치에서의 주기 동안 신호를 검출할 때, 개시된 시스템은 클러스터별 페이징 계수를 생성하고 이러한 클러스터별 페이징 계수에 따라 신호를 교정할 수 있다. 예를 들어, 개시된 시스템은 클러스터별 페이징 계수를 생성하기 위해 선형 등화기, 결정 피드백 등화기 또는 최대 우도 서열 추정기를 활용할 수 있다. This disclosures describes embodiments of methods, systems, and non-transitory computer readable media that accurately and efficiently estimate the effects of phasing and pre-phasing for a particular cluster of oligonucleotides and determining a cluster-specific-phasing correction for the cluster. For instance, the disclosed systems can dynamically identify clusters of oligonucleotides exhibiting error-inducing sequences that frequently cause phasing or pre-phasing. When the disclosed systems detect signals during cycles at read positions following such an error-inducing sequence, the disclosed systems can generate cluster-specific-phasing coefficients and correct the signals according to such cluster-specific-phasing coefficients. For instance, the disclosed system can utilize a linear equalizer, decision feedback equalizer, or a maximum likelihood sequence estimator to generate cluster-specific-phasing coefficients.