Aanalysis methods of protein-ligand docking structure based on vector for AI drug platform

• Main Authors: JUNG, JONG SUN, YOON SEUNG MIN, JUNG HEE HOON, HONG JONG HUI
• Format: Patent
• Language: English; Korean
• Published: 28.03.2024
• Subjects: INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; PHYSICS

본 발명은 신약개발을 위한 유효물질을 발굴에 관한 것으로, 본 발명은 (A) 분석대상 물질(화합물)의 3차원 컨포머(conformer)를 데이터베이스화하여 구축하는 단계와; (B) 표적단백질-리간드의 3D 결합 구조로부터 리간드(ligand)의 코어링(core ring)의 좌표를 추출하는 단계와; (C) 스크리닝 대상 화합물의 컴포머(conformer)를 구성하는 각각의 결합위치(pose)들로부터 코어링(core ring) 좌표를 추출하는 단계와; (D) 상기 화합물(compound)의 결합위치(pose)에 대한 코어링(core ring)과 리간드(ligand)의 코어링(core ring)을 정렬(align)하여, 화합물(compound)의 결합(docking) 좌표정보를 획득하는 단계와; (E) 화합물(compound)의 결합(docking) 좌표정보에 따라 단백질-리간드 간 상호연관 지수(PLI score)를 산출하여, 결합위치(docking pose)를 선정하는 단계; 그리고 (F) 상기 (A) 내지 (E) 단계를 기 설정된 화합물(compound)의 컨포머(conformer)들에 대하여 반복 수행하는 단계;를 포함하여 수행된다. 이와 같은 본 발명에 의하면, 본 발명에서는 물질구조당 수분~수시간 소요되던 protein-ligand 3D 구조 분석을 flexible docking 작업을 간소화 하여, 처리 소요시간을 수 초 내지 수십 초 수준으로 저감화 하여, 종래의 분석 기술에 대비하여, 10 내지 100배 이상의 물질을 동일한 시간에 분석하는 것이 가능해지는 효과가 있다.