샘플을 임상적으로 관련된 범주로 분류하기 위한 방법

• Main Authors: PATSALIS PHILIPPOS, KYPRI ELENA, IOANNIDES MARIOS, ACHILLEOS ACHILLEAS, ELIADES ALEXIA, KOUMBARIS GEORGE, TSANGARAS KYRIAKOS, LOIZIDES CHARALAMBOS
• Format: Patent
• Language: Korean
• Published: 18.09.2023
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

본 개시는 생물학적 샘플을 임상적으로 관련된 범주로 분류하기 위한 방법 및 키트를 제공한다. 방법은 샘플을 무세포 종양 DNA를 포함하는 것으로 분류하는 방법으로서, 방법은: (i) 다수의 무세포 DNA(cfDNA) 단편을 포함하는 샘플에서, 참조 서열에 대한 정렬에 의해 적어도 100,000개의 cfDNA 단편의 시작 및/또는 종료의 서열 좌표를 결정하는 단계와, a) 단계 (i)에서 결정된 각각의 시작 및/또는 종료 서열 좌표 안쪽이지만 이에 인접한 1 내지 5개의 염기쌍의 범위 내에서, 및/또는 b) 단계 (i)에서 결정된 각각의 시작 및/또는 종료 서열 좌표에 바깥쪽이지만 이에 인접한 1 내지 5개의 염기쌍의 범위 내에서, (ii) 참조 서열에서, 트리뉴클레오티드, 테트라뉴클레오티드 및 펜타뉴클레오티드로 구성된 모든 핵산 모티프를 결정하는 단계와, a) 샘플에 포함된 다수의 cfDNA 단편에서, 단계 (i)에서 결정된 각각의 서열 좌표 ± 1개의 염기쌍, 및 b) 샘플에 포함된 다수의 cfDNA 단편에서, 단계 (ii) a) 및 단계 (ii) b)에서 결정된 각각의 핵산 모티프의, (iii) 빈도를 결정하는 단계와, (iv) 해당 기준 빈도에 대한 단계 (iii) a) 및 단계 (iii) b)에서 결정된 각각의 빈도의 비율을 계산하는 단계와, (v) 단계 (iv)에서 결정된 각각의 비율에 대해 개별적으로 진단 점수를 계산하는 단계로서, 상기 점수는 단계 (iv)의 모든 개별 빈도 비율의 각각의 가중합인, 단계와, (vi) 단계 (v)에서 결정된 진단 점수 중 적어도 두 개 이상으로부터 합계 진단 점수를 계산하는 단계로서, 상기 점수는 단계 (v)에서 결정된 상기 두 개 이상의 진단 점수의 가중합이고, 및 (vii) 합계 진단 점수를 기준 점수와 비교하여 샘플의 분류를 결정하는 단계를 포함하고, 여기서 샘플은, 합계 진단 점수 값이 기준 점수의 적어도 1 표준 편차만큼 기준 점수의 평균보다 높은 경우, 종양 cfDNA를 포함하는 것으로 분류되며, 기준 점수는 하나 이상의 기준 값으로부터 계산된다. The disclosure provides methods and kits for the classification of biological samples into clinically relevant categories. The method is a method of classifying a sample as comprising cell-free tumor DNA, the method comprising the steps of:(i) determining in a sample comprising a plurality of cell-free DNA (cfDNA) fragments the sequence coordinates of the start and/or stop of at least 100,000 cfDNA fragments by alignment to a reference sequence, (ii) determining in the reference sequence all nucleic acid motifs comprised of trinucleotides, tetranucleotides and pentanucleotides:a) within the range of 1 to 5 base pairs inwards but adjacent to each start and/or stop sequence coordinate determined in (i), and/orb) within a range of 1 to 5 base pairs outwards but adjacent to each start and/or stop sequence coordinate determined in (i),(iii) determining the frequency of:a) each sequence coordinate plus and/or minus 1 base pair determined in (i) in the plurality of cfDNA fragments comprised in the sample, b) each of the nucleic acid motifs determined in (ii) a) and b) in the plurality of cfDNA fragments comprised in the sample, (iv) calculating the ratio of each of the frequencies determined in (iii) a) and b) over a corresponding reference frequency, (v) calculating a diagnostic score separately for each ratio determined in step (iv), said score being the respective weighted sum of all respective frequency ratios of step (iv) (vi) calculating a combined diagnostic score from at least two or more of the diagnostic scores determined in (v) said score being the weighted sum of said two or more diagnostic scores determined in (v), and(vii) determining a classification of the sample by comparing the combined diagnostic score to a reference score, wherein the sample is classified as comprising tumor cfDNA, if the combined diagnostic score value is higher than the mean of the reference score by at least one standard deviation of the reference score, wherein the reference score is calculated from one or more reference values.