합성 방법에 의한 고속-정방향 시퀀싱

• Main Authors: ETZIONI YOAV, OBERSTRASS FLORIAN, ALMOGY GILAD, PRATT MARK, BARAD OMER, BRINZA DUMITRU, TREPAGNIER ELIANE
• Format: Patent
• Language: Korean
• Published: 15.03.2022
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

폴리뉴클레오티드에 대한 커플링된 시퀀싱 리드 쌍을 생성하는 방법, 및 커플링된 시퀀싱 리드 쌍을 분석하는 방법이 본원에 기재되어 있다. 커플링된 시퀀싱 리드 쌍은 커플링된 시퀀싱 리드 쌍 내에서 직접적으로 시퀀싱되지 않은 유전자좌를 포함하는 폴리뉴클레오티드 변이체를 검출하기 위해 분석될 수 있다. 다른 분석 방법은 커플링된 시퀀싱 리드 쌍을 사용하여 컨센서스 서열을 구축 또는 검증하는 단계를 포함할 수 있다. 커플링된 시퀀싱 리드 쌍은 표지된 뉴클레오티드를 사용하여 프라이머를 연장함으로써 제1 영역에 대한 시퀀싱 데이터를 생성하는 단계; 제2 영역 흐름 순서로 제공된 뉴클레오티드를 사용하여 제2 영역을 통해 프라이머를 추가로 연장하는 단계이며, 여기서 제2 영역을 통한 프라이머 연장은 제1 영역을 통한 프라이머 연장보다 빠른 것인 단계; 및 표지된 뉴클레오티드를 사용하여 프라이머를 추가로 연장함으로써 폴리뉴클레오티드의 제3 영역의 서열과 연관된 시퀀싱 데이터를 생성하는 단계에 의해 폴리뉴클레오티드에 대해 생성될 수 있다. Described herein are methods of generating a coupled sequencing read pair for a polynucleotide, and methods of analyzing the coupled sequencing read pair. The coupled sequencing read pair can be analyzed to detect polynucleotide variants, including at loci that are not directly sequenced within the coupled sequencing read pair. Other analytical methods can include using coupled sequencing read pairs to construct or validate a consensus sequence. The coupled sequencing read pair may be generated for a polynucleotide by generating sequencing data for a first region by extending a primer using labeled nucleotides; further extending the primer through a second region using nucleotides provided in a second region flow order, wherein primer extension through the second region is faster than primer extension through the first region; and generating sequencing data associated with a sequence of a third region of the polynucleotide by further extending the primer using labeled nucleotides.