Method And System For Constructing Cancer Patient Specific Gene Networks And Finding Prognostic Gene Pairs

• Main Authors: LEE WOOK, PARK BYUNG KYU, HAN KYUNG SOOK
• Format: Patent
• Language: English; Korean
• Published: 01.07.2021
• Subjects: INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; PHYSICS

The present invention relates to a method for generating an individual gene network of a cancer patient and finding a gene pair for prognosis prediction therefrom, and a system for executing the method. To this end, the present invention provides the method for generating a gene network of a cancer patient and finding a gene pair for prognosis, which comprises the following steps of: acquiring gene expression data of normal samples; calculating a correlation coefficient of a gene pair included in each of the normal samples; calculating a correlation coefficient of a gene pair individually included in a perturbation sample; calculating, for each gene pair, a change amount of the correlation coefficient of the gene pair; and generating a network by representing a gene as a node and representing the change amount of the correlation coefficient of the gene pair as an edge. 본 발명은 암 환자의 개인별 유전자 네트워크를 생성하고, 이로부터 예후 예측을 위한 유전자 쌍을 발굴하는 방법과, 이와 같은 방법을 실행하는 시스템에 관한 것이다. 이를 위하여 본 발명은, 정상 샘플의 유전자 발현 데이터를 획득하는 단계와, 상기 정상 샘플에 각각 포함된 유전자 쌍의 상관 계수를 산출하는 단계와, 교란 샘플에 각각 포함된 유전자 쌍의 상관 계수를 산출하는 단계와, 상기 유전자 쌍 별로, 유전자 쌍의 상관 계수의 변화량을 산출하는 단계와, 유전자를 노드(node)로 나타내고, 상기 유전자 쌍의 상관 계수의 변화량을 에지(edge)로 나타내어 네트워크를 생성하는 단계를 포함하는, 암 환자의 유전자 네트워크 생성 및 예후 유전자 쌍 발굴 방법을 제공한다.