DETERMINING A NUCLEIC ACID SEQUENCE IMBALANCE

• Main Authors: CHIU ROSSA WAI KWUN, LO YUK MING DENNIS, CHAN KWAN CHEE, ZEE BENNY CHUNG YING, CHONG KA CHUN
• Format: Patent
• Language: English; Korean
• Published: 18.01.2021
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

본 발명에서는, 핵산 서열 불균형이 생물학적 샘플 내에 존재하는지 여부를 결정하는 방법, 시스템 및 장치가 제공된다. 예를 들어, 2개의 서열 (또는 서열 세트)의 비의 불균형을 측정하기 위한 하나 이상의 분별값이 선택된다. 분별값은 적어도 부분적으로 샘플, 예컨대 모체 핵산 서열의 배경을 함유하는 모체 혈장 중 태아 DNA의 백분율을 기준으로 결정될 수 있다. 분별값은 또한 반응 당 서열의 평균 농도를 기준으로 결정될 수 있다. 한 측면에서, 분별값은 특정 핵산 서열을 함유하는 것으로 평가되는 정보제공 웰의 비율로부터 결정되며, 그 비율은 상기 언급된 백분율 및/또는 평균 농도를 기준으로 결정된다. 분별값은 다수의 상이한 유형의 방법, 예컨대 순차 확률비 검증 (SPRT)을 사용하여 결정될 수 있다. Methods, systems, and apparatus are provided for determining whether a nucleic acid sequence imbalance exists within a biological sample. One or more cutoff values for determining an imbalance of, for example, the ratio of the two sequences (or sets of sequences) are chosen. The cutoff value may be determined based at least in part on the percentage of fetal DNA in a sample, such as maternal plasma, containing a background of maternal nucleic acid sequences. The cutoff value may also be determined based on an average concentration of a sequence per reaction. In one aspect, the cutoff value is determined from a proportion of informative wells that are estimated to contain a particular nucleic acid sequence, where the proportion is determined based on the above-mentioned percentage and/or average concentration. The cutoff value may be determined using many different types of methods, such as sequential probability ratio testing (SPRT).