Methods and systems for annotating regulatory regions of a microbial genome

• Main Authors: DUVVURU MUNI RAJASEKHARA REDDY, KIM, TAE YONG, PAI PRIYADARSHINI PANEMANGALORE
• Format: Patent
• Language: English; Korean
• Published: 31.01.2020
• Subjects: CALCULATING; COMPUTER SYSTEMS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS; COMPUTING; COUNTING; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; PHYSICS

According to an embodiment of the present invention, disclosed are a method and a system for annotating a regulatory region of a microbial genome. The method of the present invention comprises the steps of: extracting data related to at least one promoter of a regulatory region of a microbial genome, wherein the data includes at least one promoter sequence and data available for at least one promoter subtype; configuring at least one prediction model using a deep learning-based neural network to predict the promoter subtype associated with the promoter sequence on the basis of at least one extracted feature of the promoter sequence; and annotating at least one unknown promoter sequence with the promoter subtype using the configured prediction model. 미생물 게놈의 조절 영역을 어노테이션하기 위한 방법 및 시스템. 본원의 구체예는 미생물 게놈의 조절 영역을 어노테이션하기 위한 방법 및 시스템을 개시한다. 본원에 개시된 방법은 상기 미생물 게놈의 조절 영역의 적어도 하나의 프로모터와 관련된 데이터를 추출하는 단계를 포함하며, 상기 데이터는 적어도 하나의 프로모터 서열 및 적어도 하나의 프로모터 서브타입에 대해 이용가능한 데이터를 포함한다. 상기 적어도 하나의 프로모터 서열의 추출된 적어도 하나의 특징을 기반으로, 상기 방법은 상기 적어도 하나의 프로모터 서열과 연관된 상기 적어도 하나의 프로모터 서브타입을 예측하기 위해 딥 러닝에 기반한 신경 네트워크를 사용하여 적어도 하나의 예측 모델을 구성하는 단계를 추가로 포함한다. 상기 방법은 상기 적어도 하나의 구성된 예측 모델을 사용하여 적어도 하나의 프로모터 서브 타입으로 적어도 하나의 미지의 프로모터 서열을 어노테이션하는 단계를 추가로 포함한다.