페이징 보정

• Main Authors: BELITZ PAUL, LANGLOIS ROBERT
• Format: Patent
• Language: Korean
• Published: 09.09.2019
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COLORIMETRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; COMPOSITIONS THEREOF; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; CULTURE MEDIA; ENZYMOLOGY; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASUREMENT OF INTENSITY, VELOCITY, SPECTRAL CONTENT,POLARISATION, PHASE OR PULSE CHARACTERISTICS OF INFRA-RED,VISIBLE OR ULTRA-VIOLET LIGHT; MEASURING; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MICROORGANISMS OR ENZYMES; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICROORGANISMS; RADIATION PYROMETRY; SPIRITS; TESTING; VINEGAR; WINE

메모리 효율적인 방법이 염기 콜링 사이클 동안 핵산 시퀀서에 의해 획득된 이미지 데이터로부터 보정된 컬러 값을 결정한다. 이러한 방법은 (a) 핵산 염기가 판독되는 복수의 사이트를 포함하는 기질(가령, 플로우 셀의 일부분)의 이미지를 획득하는 단계, (b) 기질의 이미지로부터 복수의 사이트의 컬러 값을 측정하는 단계, (c) 시퀀서의 하나 이상의 프로세서의 프로세서 버퍼에 컬러 값을 저장하는 단계, (d) 복수의 사이트의 부분적으로 페이즈-보정된 컬러 값을 불러오는 단계 - 부분적으로 페이즈-보정된 컬러 값은 바로 이전 염기 콜링 사이클 동안 시퀀서의 메모리에 저장됨 - , (e) 프리페이징 보정을 결정하는 단계, 및 (f) 보정된 컬러 값을 결정하는 단계를 포함한다. 다양한 구현예에서, 이들 동작은 단일 염기 콜링 사이클 동안 모두 수행된다. 특정 실시예에서, 방법은 보정된 컬러 값을 이용해 복수의 사이트에 대해 염기 콜을 하는 단계를 더 포함한다. 시퀀서는 이러한 방법을 구현하도록 설계 또는 구성될 수 있다. Memory efficient methods determine corrected color values from image data acquired by a nucleic acid sequencer during a base calling cycle. Such methods may: (a) obtain an image of a substrate (e.g., a portion of a flow cell) including a plurality of sites where nucleic acid bases are read; (b) measure color values of the plurality of sites from the image of the substrate; (c) store the color values in a processor buffer of the sequencer's one or more processors; (d) retrieve partially phase-corrected color values of the plurality of sites, where the partially phase-corrected color values were stored in the sequencer's memory during an immediately preceding base calling cycle; (e) determine a prephasing correction; and (f) determine the corrected color values. In various implementations, these operations are all performed during a single base calling cycle. In certain embodiments, the methods additionally include using the corrected color values to make base calls for the plurality of sites. Sequencers may be designed or configured to implement such methods.