계층 역전 인덱스 테이블을 사용하는 DNA 정렬

• Main Authors: GARMANY JAN D, HUNT MARTIN A, ARASTAS DAEMON G, WOOD STEPHEN V, DOERR MICHAEL B
• Format: Patent
• Language: Korean
• Published: 29.06.2018
• Subjects: CALCULATING; COMPUTING; COUNTING; ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; PHYSICS

검색 서열을 참조 데이터에 정합시키는데 사용 가능한 계층 인덱스 테이블을 구축하는 시스템 및 방법. 인덱스 테이블은 주어진 길이의 모든 서브시퀀스의 완전한 목록과 연관된 엔트리를 포함하도록 구축될 수 있고, 여기서 각각의 엔트리는 참조 데이터에서 각각의 서브시퀀스의 정합의 수 및 위치를 포함한다. 계층 인덱스 테이블은 각각의 연장된 서브시퀀스에 대한 엔트리가 각각의 임계값의 각각의 세트보다 큰 정합의 수를 기반으로 선택적으로 반복적으로 구축되는 반복적인 방식으로 구축될 수 있다. 계층 인덱스 테이블은 검색 서열과 참조 데이터 사이의 정합에 대하여 검색하고, 불일치 확인 및 각각의 후보 정합에 대한 특성화를 수행하는데 사용될 수 있다. System and method for constructing a hierarchical index table usable for matching a search sequence to reference data. The index table may be constructed to contain entries associated with an exhaustive list of all subsequences of a given length, wherein each entry contains the number and locations of matches of each subsequence in the reference data. The hierarchical index table may be constructed in an iterative manner, wherein entries for each lengthened subsequence are selectively and iteratively constructed based on the number of matches being greater than each of a set of respective thresholds. The hierarchical index table may be used to search for matches between a search sequence and reference data, and to perform misfit identification and characterization upon each respective candidate match.