CELL-FREE DNA FOR ASSESSING AND/OR TREATING CANCER

• Main Authors: JILLIAN A PHALLEN, VICTOR E VELCULESCU, JACOB FIKSEL, ROBERT B SCHARPF, STEPHEN CRISTIANO, ALESSANDRO LEAL, VILMOS ADLEFF
• Format: Patent
• Language: English; Japanese
• Published: 21.05.2024
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; COMPOSITIONS THEREOF; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; CULTURE MEDIA; ENZYMOLOGY; HUMAN NECESSITIES; HYGIENE; INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASURING; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MICROORGANISMS OR ENZYMES; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL, OR TOILET PURPOSES; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICROORGANISMS; SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS ORMEDICINAL PREPARATIONS; SPIRITS; TESTING; VINEGAR; WINE

To provide methods and materials for identifying a mammal as having cancer (e.g., localized cancer), and also to provide methods and materials for assessing, monitoring, and/or treating a mammal having cancer.SOLUTION: Provided is a method of determining a cell free DNA (cfDNA) fragmentation profile of a mammal, the method comprising: processing cfDNA fragments obtained from a sample obtained from the mammal into sequencing libraries; subjecting the sequencing libraries to low-coverage whole genome sequencing to obtain sequenced fragments; mapping the sequenced fragments to a genome to obtain windows of mapped sequences; and analyzing the windows of mapped sequences to determine cfDNA fragment lengths.SELECTED DRAWING: None 【課題】癌（例えば、限局性癌）を有するとして哺乳動物を特定するための方法および材料を提供する。また、癌を有する哺乳動物を査定し、モニターし、および／または処置するための方法および材料を提供する。【解決手段】哺乳動物のセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）断片化プロファイルを決定する方法であって、前記哺乳動物から取得された試料から取得されたｃｆＤＮＡ断片を加工して配列決定ライブラリーにすること；配列決定された断片を取得するために、前記配列決定ライブラリーを低カバレッジ全ゲノム配列決定に供すること；マッピングされた配列のウィンドウを取得するために、前記配列決定された断片をゲノムにマッピングすること；およびｃｆＤＮＡ断片長を決定するために、マッピングされた配列の前記ウィンドウを分析すること；を含む、方法である。【選択図】なし