Verfahren zur Identifizierung eines Kandidaten, nämlich eines Genlocus und/oder einer Sequenzvariante, der für mindestens ein (phänotypisches) Merkmal indikativ ist

• Main Author: Hansen, Björn Oest
• Format: Patent
• Language: German
• Published: 12.09.2024
• Subjects: INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; PHYSICS

Die vorliegende Anmeldung betrifft ein Verfahren zur Identifizierung mindestens eines Kandidaten (Loc), nämlich eines Genlocus und/oder einer Sequenzvariante, der für mindestens ein ausgewähltes (phänotypisches) Merkmal eines Organismus, insbesondere einer Pflanze, indikativ ist, umfassend die Schritte:a. Erhalten einer Vielzahl von Kandidatenlisten (Can1, Can2, Can3) von Kandidaten (Loc), wobei die Kandidatenlisten geordnet sind;b. Erhalten eines Referenzsatzes (RefDB) mit Genloci und/oder Sequenzvarianten;c. Abgleichen mindestens einer Untermenge von Kandidaten (Loc) aus den Kandidatenlisten (Can1, Can2, Can3) mit der Referenzliste (RefDB), um einen Bewertungswert (EV) für mindestens die Untermenge zu bestimmen;d. Zuordnen jedes Bewertungswertes (EV) zu dem jeweiligen Kandidaten (Loc) in den betreffenden Kandidatenlisten (Can1, Can2, Can3);e. Berechnen eines Leistungswertes für jede Kandidatenliste auf Basis des Bewertungswertes (EV), insbesondere durch Verwendung der Bewertungswerte (EV);f. Auswählen mindestens eines Kandidaten (Loc) als (bevorzugter) Kandidat (Loc) aus einer der Kandidatenlisten (Can1, Can2, Can3) unter Verwendung der Leistungswerte. The present application is directed to a method for identifying at least one candidate (Loc), namely a gene location and/or a sequence variant, indicative for at least one selected (phenotypic) trait of an organism, in particular of a plant, comprising the steps of:a. receiving a plurality of candidate lists (Can1, Can2, Can3) of candidates (Loc), the candidate lists being ordered;b. receiving a reference set (RefDB) with gene locations and/or sequence variants;c. matching at least a subset of candidates (Loc) from the candidate lists (Can1, Can2, Can3) with the reference list (RefDB) to determine an evaluation value (EV) for at least the subset;d. assigning each evaluation value (EV) to the respective candidate (Loc) in the respective candidate lists (Can1, Can2, Can3);e. calculating for each candidate list a performance value based on the evaluation value (EV), in particular by using the evaluation values (EV);f. selecting at least one candidate (Loc) as (preferred) candidate (Loc) from one of the candidate lists (Can1, Can2, Can3) using the performance values.