METHODS AND SYSTEMS FOR IDENTIFYING GENES ASSOCIATED WITH BIOSYNTHETIC GENE CLUSTERS

• Main Authors: WYKA, STEPHEN ANDREW, VERDINE, GREG, KIM, JINWOO, LIN, YUNG, MCFADYEN, IAIN JAMES, HADJITHOMAS, MICHALIS
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 11.05.2023
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CALCULATING; CHEMISTRY; COMPOSITIONS THEREOF; COMPUTER SYSTEMS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS; COMPUTING; COUNTING; CULTURE MEDIA; ENZYMOLOGY; HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATIONTECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING ORPROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MICROORGANISMS OR ENZYMES; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICROORGANISMS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

The present disclosure relates to methods and systems for identifying genes associated with biosynthetic gene clusters (BGCs), including embedded target genes (ETaGs) that are homologs of potential therapeutic targets. The methods and systems described herein apply a comparative genomics and manual review or machine-learning model to analyze grid representations such as heat maps, which assess across a plurality of diverse genomes distribution of orthologs (e.g., bidirectional best hits) of a plurality of query genes that are co- localized with an anchor gene (e.g., a core synthase gene) of a BGC in a query genome. La présente divulgation concerne des procédés et des systèmes d'identification de gènes associés à des groupes de gènes biosynthétiques (BGC), incluant des gènes cibles intégrés (ETaG) qui sont des homologues de cibles thérapeutiques potentielles. Les procédés et les systèmes décrits ici appliquent un modèle de génomique comparative et d'examen manuel ou d'apprentissage automatique pour analyser des représentations de grille telles que des cartes thermiques, qui évaluent une pluralité de différentes distributions de génomes d'orthologues (par exemple, les meilleurs résultats bidirectionnels) d'une pluralité de gènes d'interrogation qui sont co-localisés avec un gène d'ancrage (par exemple, un gène de synthase central) d'un BGC dans un génome d'interrogation.