DETERMINING PROTEIN DISTANCE MAPS BY COMBINING DISTANCE MAPS CROPS

• Main Authors: SUN, RUOXI, SENIOR, ANDREW W, JUMPER, JOHN, PENEDONES, HUGO, SIMONYAN, KAREN, KIRKPATRICK, JAMES, SIFRE, LAURENT, EVANS, RICHARD ANDREW, QIN, CHONGLI
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 26.03.2020
• Subjects: CALCULATING; COMPUTER SYSTEMS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS; COMPUTING; COUNTING; HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATIONTECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING ORPROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; PHYSICS

Methods, systems, and apparatus, including computer programs encoded on a computer storage medium, for performing protein structure prediction. In one aspect, a method comprises generating a distance map for a given protein, wherein the given protein is defined by a sequence of amino acid residues arranged in a structure, wherein the distance map characterizes estimated distances between the amino acid residues in the structure, comprising: generating a plurality of distance map crops, wherein each distance map crop characterizes estimated distances between (i) amino acid residues in each of one or more respective first positions in the sequence and (ii) amino acid residues in each of one or more respective second positions in the sequence in the structure of the protein, wherein the first positions are a proper subset of the sequence; and generating the distance map for the given protein using the plurality of distance map crops. La présente invention concerne des procédés, des systèmes et un appareil, incluant des programmes informatiques codés sur un support de stockage informatique, permettant d'effectuer une prédiction de structure protéique. Selon un aspect, un procédé consiste à générer une carte de distance pour une protéine donnée, la protéine donnée étant définie par une séquence de résidus d'acides aminés disposés dans une structure, la carte de distance caractérisant des distances estimées entre les résidus d'acides aminés dans la structure, comprenant : la génération d'une pluralité de cartes de distance collectées, chaque carte de distance collectée caractérisant des distances estimées entre (i) des résidus d'acides aminés dans chacune d'une ou de plusieurs premières positions respectives dans la séquence et (ii) des résidus d'acides aminés dans chacune d'une ou de plusieurs secondes positions respectives dans la séquence de la structure de la protéine, les premières positions étant un sous-ensemble approprié de la séquence ; et la génération de la carte de distance pour la protéine donnée à l'aide de la pluralité de cartes de distance collectées.