ITERATIVE PROTEIN STRUCTURE PREDICTION USING GRADIENTS OF QUALITY SCORES

• Main Authors: SUN, RUOXI, SENIOR, ANDREW W, JUMPER, JOHN, PENEDONES, HUGO, SIMONYAN, KAREN, KIRKPATRICK, JAMES, SIFRE, LAURENT, EVANS, RICHARD ANDREW, QIN, CHONGLI
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 08.08.2023
• Subjects: INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; PHYSICS

Methods, systems, and apparatus, including computer programs encoded on a computer storage medium, for performing protein structure prediction and protein domain segmentation. In one aspect, a method comprises generating a plurality of predicted structures of a protein, wherein generating a predicted structure of the protein comprises: updating initial values of a plurality of structure parameters of the protein, comprising, at each of a plurality of update iterations: determining a gradient of a quality score for the current values of the structure parameters with respect to the current values of the structure parameters; and updating the current values of the structure parameters using the gradient. La présente invention concerne des méthodes, des systèmes et un appareil, y compris des programmes d'ordinateur codés sur un support d'enregistrement informatique, servant à effectuer une prédiction de structures protéiques et une segmentation de domaines protéiques. Selon un aspect, une méthode consiste à générer une pluralité de structures prédites d'une protéine, la génération d'une structure prédite de la protéine consistant à : mettre à jour des valeurs initiales d'une pluralité de paramètres de structures de la protéine, consistant, à chaque itération d'une pluralité d'itérations de mise à jour, à : déterminer un gradient d'un score de qualité des valeurs courantes des paramètres de structures par rapport aux valeurs courantes des paramètres de structures ; et mettre à jour les valeurs courantes des paramètres de structures à l'aide du gradient.