A METHOD FOR THE CARRY-OVER PROTECTION IN DNA AMPLIFICATION SYSTEMS TARGETING METHYLATION ANALYSIS ACHIEVED BY A MODIFIED PRE-TREATMENT OF NUCLEIC ACIDS

• Main Authors: TETZNER, REIMO, DIETRICH, DIMO
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 12.02.2013
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

Disclosed is a method for the specific amplification of template DNA in the presence of potentially contaminating PCR products from previous amplification experiments. In the first step DNA is contacted with a bisulfite solution, which reacts with unmethylated cytosines but not with methylated cytosines, by sulfonating them. This results in deamination of the cytosine whereby sulfonated uracil is generated. Such sulfonation protects the template nucleic acid from being a target for the enzyme UNG. Any contaminating DNA, which contains unprotected unsulfonated or desulfonated uracils is degraded enzymatically while UNG is active. After UNG treatment and inactivation, the sulfonated uracil bases are converted into uracil by desulfonation. This method is useful for decontamination of nucleic acid samples, or rather for avoiding amplification of 'carry over products' in particular in the context of DNA methylation analysis. Furthermore it can be used as a simplified method of bisulfite treatment in gerneral. L'invention concerne une méthode d'amplification spécifique d'ADN matriciel en présence de produits de PCR éventuellement contaminants provenant d'expériences d'amplification antérieures. Dans la première étape, l'ADN est mis en contact avec une solution de bisulfite, qui réagit avec les cytosines non méthylées mais pas avec les cytosines méthylées, par sulfonation de celles-ci. La désamination des cytosines est ainsi obtenue et de l'uracil est produit. Cette sulfonation protège l'acide nucléique matriciel de manière qu'il ne devienne pas une cible pour l'UNG. Tout ADN contaminant qui contient des uracils non protégés et non sulfonés ou désulfonés est dégradé par voie enzymatique alors que l'UNG est active. Après le traitement et l'inactivation de l'UNG, les bases d'uracil sulfoné sont converties en uracil par désulfonation. Cette méthode est utile pour la décontamination d'échantillons d'acide nucléique ou plutôt pour empêcher l'amplification de <= produits différés >= en particulier dans le contexte de l'analyse de méthylation d'ADN. De plus, elle peut être utilisée en tant que méthode simplifiée de traitement du bisulfite en général.