迷宫栓孔菌热激蛋白基因的生物信息学与表达分析

• Published in: 浙江大学学报（农业与生命科学版） Vol. 49; no. 6; pp. 776 - 786
• Main Authors: 杨旭欣, 冯连荣, 池玉杰, 韩树英
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 辽宁省杨树研究所,辽宁 营口 115000%东北林业大学林学院,黑龙江 哈尔滨 150040 01.12.2023; 周口师范学院生命科学与农学学院,河南 周口 466001; 东北林业大学林学院,黑龙江 哈尔滨 150040%东北林业大学林学院,黑龙江 哈尔滨 150040
• Subjects: 迷宫栓孔菌; 生物信息学; white-rot fungi; heat shock protein 104(HSP104); gene cloning; 白腐菌; bioinformatics; 热激蛋白104; Trametes gibbosa; heat shock protein; 热激蛋白; 基因克隆
• ISSN: 1008-9209
• DOI: 10.3785/j.issn.1008-9209.2022.10.261

S718.81; 为了探究迷宫栓孔菌(Trametes gibbosa)热激蛋白(heat shock proteins,HSPs)家族的功能及结构,对经木屑处理不同时间点的菌丝样品进行cDNA建库,然后根据转录组数据筛选该菌株的所有HSPs基因并进行生物信息学分析;针对HSP100家族进行基因克隆和序列结构分析,并利用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)对其在木屑处理下的表达量进行验证.结果如下:在迷宫栓孔菌中共筛选出32个HSPs基因,其编码的蛋白分为5个亚类,分别为HSP100(2个)、HSP90(2个)、HSP70(7个)、HSP60(1个)和小分子热激蛋白[small HSPs(sHSPs),20个],它们在菌体生长调控中具有蛋白翻译后修饰、蛋白质折叠、伴侣蛋白等重要功能.这些HSPs都为疏水蛋白,不同亚类的HSPs理化性质有所差异.HSP100由N-端、核苷酸结合域1(nucleotide-binding domain 1,NBD1)、NBD2、2个NBDs间的接头构成,其中,NBDs具有十分保守的Walker A、Walker B基序及精氨酸指残基.qRT-PCR扩增结果表明,在木屑处理下迷宫栓孔菌HSP100基因表达量有明显上调趋势.综上所述,迷宫栓孔菌中HSPs家族种类多且复杂,在应激情况下HSP100家族承担了重要的蛋白质解聚功能,其序列及结构相对保守.本研究结果为迷宫栓孔菌在胁迫应激方面的研究提供了理论依据.