生物信息学方法筛选胰腺癌进展相关的核心基因

• Published in: 上海交通大学学报（医学版） Vol. 41; no. 5; pp. 571 - 578
• Main Authors: 杨鹿笛, 王高明, 胡仁豪, 蒋小华, 崔然
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 上海交通大学医学院附属瑞金临床医学院,上海 200025%同济大学附属东方医院普外科,上海 200120 28.05.2021
• Subjects: 差异表达基因; 生物信息学; 胰腺癌; 肿瘤发生
• ISSN: 1674-8115
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-8115.2021.05.003

R735.9; 目的·筛选胰腺癌进展相关的核心基因和关键通路.方法·通过GEO(Gene Expression Omnibus)数据库检索筛选得到包含45例胰腺癌组织和45例癌旁正常组织的基因芯片数据集GSE28735.采用GEO2R在线分析工具提取癌组织及癌旁正常组织的基因,联合RStudio软件筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并对其进行可视化处理.通过基因功能注释在线工具DAVID对差异表达显著的基因进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析.利用交互基因检索工具STRING及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,结合节点度值进一步筛选核心基因.通过基因表达谱分析数据库GEPIA对179例胰腺癌中核心基因的表达水平与患者总生存期(overall survival,OS)、无病生存期(disease free survival,DFS)及肿瘤分期的关系进行分析.结果·从GSE28735芯片中筛选得到131个DEGs,其中表达上调的基因115个,表达下调的基因16个.GO功能富集分析显示DEGs主要在细胞黏附、质膜、蛋白质结合方面富集.KEGG通路富集提示磷脂酰肌醇-3激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)是DEGs富集的主要信号通路.通过PPI网络筛选得到5个核心基因,分别为纤维连接蛋白1(fibronectin 1,FN1)、间质表皮转化因子(mesenchymal to epithelial transition factor,MET)、层粘连蛋白β3(polyclonal antibody to lamininβ3,LAMB3)、层粘连蛋白α3(laminin subunitα3,LAMA3)、整合素亚单位α3(integrin subunitα3,ITGA3).MET、LAMA3、LAMB3和ITGA3的表达水平均与胰腺癌患者OS有关,仅MET、LAMB3和ITGA3的表达水平与胰腺癌患者DFS有关,且基因低表达组的预后明显优于基因