PDE1B表达与胃癌预后和肿瘤微环境的生物信息学分析

R735.2; 目的:通过生物信息学方法筛选胃癌中具有差异预后意义的调节性细胞死亡和衰老基因,分析磷酸二酯酶1(PDE1)B对胃癌患者生存预后的影响.方法:自TCGA公共数据库下载胃癌基因表达数据和临床数据,本地数据库中随机抽取50例胃癌患者,收集其临床信息和石蜡样本,包括胃癌组织和癌旁正常组织.采用R软件"limma"程序包筛选差异表达基因(DEGs),单因素COX分析和Kaplan-Meier生存分析筛选有预测生存价值的DEGs,获取影响胃癌患者生存预后的交集基因,筛选与临床病理特征最具关联的基因PDE1B.TCGA数据库和Kaplan-Meier生存分析检测胃癌患者癌...

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Published in吉林大学学报（医学版） Vol. 50; no. 6; pp. 1664 - 1676
Main Authors 杨希, 袁琴, 杨兰, 张文杰
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 石河子大学医学院病理系,新疆 石河子 832002%湖北航天医院肿瘤科,湖北 孝感 432000%石河子大学医学院病理系,新疆 石河子 832002 28.11.2024
石河子大学第一附属医院病理科,新疆 石河子 832002
Subjects
肿瘤微环境
药物敏感性
生存预后
Phosphodiesterase 1B
Tumor microenvironment
胃肿瘤
Survival prognosis
Stomach neoplasm
磷酸二酯酶1B
Drug sensitivity
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Summary:R735.2; 目的:通过生物信息学方法筛选胃癌中具有差异预后意义的调节性细胞死亡和衰老基因,分析磷酸二酯酶1(PDE1)B对胃癌患者生存预后的影响.方法:自TCGA公共数据库下载胃癌基因表达数据和临床数据,本地数据库中随机抽取50例胃癌患者,收集其临床信息和石蜡样本,包括胃癌组织和癌旁正常组织.采用R软件"limma"程序包筛选差异表达基因(DEGs),单因素COX分析和Kaplan-Meier生存分析筛选有预测生存价值的DEGs,获取影响胃癌患者生存预后的交集基因,筛选与临床病理特征最具关联的基因PDE1B.TCGA数据库和Kaplan-Meier生存分析检测胃癌患者癌旁正常组织和胃癌组织中PDE1B mRNA表达水平及其与胃癌患者生存期的关系,采用基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析 PDE1B生物学功能,CIBERSORT算法、肿瘤免疫数据库(TISIDB)和GSCA在线网站分析PDE1B与肿瘤微环境、免疫特征分子和药物敏感性的相关性.实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测胃癌患者胃癌组织和癌旁正常组织中PDE1B mRNA表达水平.结果:共筛选 716 个DEGs,其中 505 个DEGs表达上调(P<0.05),211个DEGs表达下调(P<0.05),获得10个影响生存预后的交集基因,PDE1B mRNA表达水平与胃癌患者临床病理特征关系最为密切,其与年龄、肿瘤分级、肿瘤分期和肿瘤T、N及M期有关联(P<0.05);与G1-G2、Stage Ⅰ、T1-T2、N0和M0期胃癌患者比较,G3-G4、Stage Ⅱ-Ⅳ、T3-T4、N1-N3和M1分期胃癌患者胃癌组织中PDE1B mRNA表达水平均明显升高(P<0.05).与癌旁正常组织比较,胃癌患者胃癌组织中PDE1B mRNA表达水平明显降低(P<0.05);与PDE1B低表达胃癌患者比较,PDE1B高表达胃癌患者总体生存率明显降低(P<0.01).PDE1B表达、年龄和肿瘤分期是胃癌患者预后的危险因素(P<0.05).在调整了性别、年龄、肿瘤分级和肿瘤分期后,PDE1B表达是影响胃癌患者预后的独立危险因素(P<0.05).PDE1B主要富集于免疫球蛋白产生、钙离子转运、第二信使介导的信号转导等生物过程(BP),T淋巴细胞受体复合体、细胞膜信号受体复合体和含胶原蛋白的细胞外基质等细胞成分(CC),抗原结合、
ISSN:1671-587X
DOI:10.13481/j.1671-587X.20240620