东北春播区糜子核心种质的荧光微卫星标记鉴定

• Published in: 作物学报 Vol. 50; no. 7; pp. 1728 - 1739
• Main Authors: 丁艺冰, 辛旭霞, 冯智尊, 郭娟, 曹越, 陈喜明, 王晓丹, 曹晓宁, SANTRA Dipak K, 陈凌, 乔治军, 王瑞云
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 山西农业大学农学院,中国山西太谷 030801 12.07.2024; 山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室,中国 山西太原 030031%山西农业大学玉米研究所,中国 山西忻州 034000%山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室,中国 山西太原 030031%内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心,美国内布拉斯加州斯克茨布拉夫 69361; 山西农业大学玉米研究所,中国 山西忻州 034000%山西农业大学农学院,中国山西太谷 030801%山西农业大学农学院,中国山西太谷 030801
• Subjects: 东北春播区; DNA molecular ID card; 毛细管电泳; Panicum miliaceum; the northeast spring sowing area; 糜子; fluorescent SSR; 荧光微卫星标记; DNA分子身份证; capillary electrophoresis
• ISSN: 0496-3490
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2024.34183

优异种质资源是糜子新品种选育和产业发展的基础.本研究以 190 份东北春播区糜子核心种质为材料,利用前期构建的 SSR 标记在 5'端标注荧光,进行 PCR 扩增和毛细管电泳.根据毛细管电泳检测的片段有无采用"0/1"表示,利用ID Analysis4.0 进行区分,使用PopGene、PowerMarker、MEGA、Structure、NTSYS进行遗传多样性分析.试验结果表明,3 个荧光SSR标记组合(RYW3+RYW6+RYW28)可区分 190 份材料,共检测出等位变异 73 个,平均为24.3333;有效等位基因数(Ne)为 5.4728(RYW3)～15.8922(RYW6),平均为 9.6496;检出 Shannon 多样性指数(I)为2.0851(RYW3)～2.9457(RYW6),平均为 2.4896;观测杂合度(Ho)为 0.7529(RYW6)～0.9574(RYW28),平均为 0.8876;期望观测杂合度(He)为 0.8194(RYW3)～0.9398(RYW6),平均为 0.8765;Nei's 基因多样性指数(Nei)为 0.817 3(RYW3)～0.9371(RYW6),平均为 0.8741;多态性信息含量(PIC)为 0.8656(RYW3)～0.9722(RYW6),平均为 0.9198.基于UPGMA将 190 份资源划分为 3 个群组.基于Structure的遗传结构分析(K=3)将糜子核心种质分为 3 个类群,来源于东北地区的 4 个基因库(黑龙江、吉林、辽宁和内蒙古的一部分).基于主成分分析将材料分为 4 个类群,与地理来源一致.利用在线二维码技术(https://cli.im/)构建了 190 份东北糜子核心种质的DNA分子身份证.