利用WGCNA鉴定玉米非生物胁迫相关基因共表达网络

加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)是一种经典的系统生物学分析方法,可用来鉴定协同表达的基因模块,探索模块与目标性状的生物学相关性,并挖掘模块网络中的核心基因.本文收集了低温胁迫、高温胁迫、干旱胁迫和盐胁迫处理下玉米(Zea mays L.)根、茎、叶等组织的58份转录组数据,利用WGCNA方法鉴定玉米非生物胁迫的基因共表达网络模块.过滤转录组数据中12,552个低表达基因后,利用余下27,204个高表达基因构建共表达网络,分析得到25个模块.根据玉米中已报道非生物胁迫相关基因与差异表达基因在模块中的分布...

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Published in作物学报 Vol. 49; no. 3; pp. 672 - 686
Main Authors 邓照, 蒋环琪, 程丽沙, 刘睿, 黄敏, 李曼菲, 杜何为
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 长江大学生命科学学院,湖北荆州 434025 12.03.2023
Subjects
核心基因
玉米
WGCNA
非生物胁迫
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ISSN0496-3490
DOI10.3724/SP.J.1006.2023.23017

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Summary:加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)是一种经典的系统生物学分析方法,可用来鉴定协同表达的基因模块,探索模块与目标性状的生物学相关性,并挖掘模块网络中的核心基因.本文收集了低温胁迫、高温胁迫、干旱胁迫和盐胁迫处理下玉米(Zea mays L.)根、茎、叶等组织的58份转录组数据,利用WGCNA方法鉴定玉米非生物胁迫的基因共表达网络模块.过滤转录组数据中12,552个低表达基因后,利用余下27,204个高表达基因构建共表达网络,分析得到25个模块.根据玉米中已报道非生物胁迫相关基因与差异表达基因在模块中的分布,筛选出与低温胁迫、高温胁迫、干旱胁迫和盐胁迫最相关的 mediumpurple4、ivory、coral2、darkseagreen4 模块和响应多种胁迫的green模块.随后对这5个模块的基因进行GO富集分析,发现在这些模块内与非生物胁迫相关基因的在非生物胁迫调控相关功能显著富集,如胁迫响应、过氧化物酶活性等.对这 5 个模块作相关性分析,预测出
ISSN:0496-3490
DOI:10.3724/SP.J.1006.2023.23017