野生型和人工选育全蓝型七彩神仙鱼群体的遗传多样性分析

• Published in: 广东农业科学 Vol. 51; no. 4; pp. 65 - 78
• Main Authors: 吉钰, 陈再忠, 温彬, 高建忠
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 上海海洋大学水产与生命学院/农业农村部淡水水产种质资源重点实验室/水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室/上海水产养殖工程技术研究中心/水产科学国家级实验教学示范中心,上海 201306 01.04.2024
• Subjects: population genetics; genetic diversity; 遗传多样性; 选择消除分析; single nucleotide polymorphism(SNP); 群体遗传学; 单核苷酸多态性(SNP); Symphysodon aequifasciatus; selective sweep analysis; 七彩神仙鱼
• ISSN: 1004-874X
• DOI: 10.16768/j.issn.1004-874X.2024.04.006

S931.5%S917.4; [目的]研究七彩神仙鱼(Symphysodon aequifasciatus)的遗传多样性,分析野生型和两种人工选育蓝色群体的亲缘关系和遗传差异,获得与体色形成相关的候选基因组区域及位点,同时为七彩神仙鱼分类系统的制订提供参考.[方法]对9尾野生型(WF)、8尾全蓝型(BF)和10尾白化蓝型(ABF)七彩神仙鱼个体进行全基因组重测序,获得单核苷酸多态性(SNP)位点,计算群体遗传多样性指标,分析群体遗传结构,进行群体间的选择消除分析.考虑SNP注释和突变率,结合PCR和Sanger测序,验证候选SNP.[结果]在3个七彩神仙鱼群体中共鉴定出1 360 293个SNP,PIC、Pi、Ho、He表明,野生型、全蓝型和白化蓝型的遗传多样性递减,选育群体的杂合度很低.系统发育进化树、群体结构分析和多态性位点主成分分析结果均显示,3个群体之间相互独立,且群体内部聚集明显.连锁不平衡衰减分析结果表明,白化蓝型群体承受着巨大的选择压力,其次是全蓝型群体.基于群体分化指数FST和Pi进行选择消除分析,结果表明,全蓝型群体的第3、12、13、18、20号染色体和白化蓝型群体的第1、16、18、19号染色体的较大区域内存在强烈的选择信号.在全蓝型群体和白化蓝型群体中分别鉴定出13个和9个候选SNP.[结论]3个七彩神仙鱼群体的遗传多样性较低,遗传关系显示出与人工选育进程的一致性.USP43、FGFR2、DENND4、MLL1基因可能与七彩神仙鱼体色形成密切相关.