黍稷高基元EST-SSR标记开发及200份核心种质资源遗传多样性分析

为搞清黍稷核心种质资源的遗传背景,开发新的高基元EST-SSR标记用以评估国内不同生态区资源的遗传多样性,为加快黍稷育种进程和挖掘优异种质提供依据.本研究基于转录组测序开发了200个高基元EST-SSR标记并进行多态性筛选,利用筛选到的多态性标记评价200份黍稷核心种质资源的遗传多样性.结果表明,200个标记在6份地理来源差异显著的黍稷材料中有52个呈多态性,开发效率为26％,其中四、五和六碱基重复多态性标记分别为17个(32.7％)、17个(32.7％)和18个(34.6％).利用52个高基元EST-SSR多态性标记对200份核心资源进行检测,共得到129个观测等位变异,每个位点检测到2～3...

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Published in作物学报 Vol. 49; no. 8; pp. 2308 - 后插8
Main Authors 王倩, 张立媛, 许月, 李海, 刘少雄, 薛亚鹏, 陆平, 王瑞云, 刘敏轩
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 中国农业科学院作物科学研究所,北京 100081%赤峰市农牧科学研究所,内蒙古赤峰 024031%吉林大学生命科学学院,吉林长春 130012%山西农业大学高寒区作物研究所,山西大同 037008%中国农业科学院作物科学研究所,北京 100081%山西农业大学农学院,山西太谷 030801 12.08.2023
山西农业大学农学院,山西太谷 030801
Subjects
核心种质
黍稷
高基元EST-SSR
遗传多样性
群体结构
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ISSN0496-3490
DOI10.3724/SP.J.1006.2023.24201

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Summary:为搞清黍稷核心种质资源的遗传背景,开发新的高基元EST-SSR标记用以评估国内不同生态区资源的遗传多样性,为加快黍稷育种进程和挖掘优异种质提供依据.本研究基于转录组测序开发了200个高基元EST-SSR标记并进行多态性筛选,利用筛选到的多态性标记评价200份黍稷核心种质资源的遗传多样性.结果表明,200个标记在6份地理来源差异显著的黍稷材料中有52个呈多态性,开发效率为26％,其中四、五和六碱基重复多态性标记分别为17个(32.7％)、17个(32.7％)和18个(34.6％).利用52个高基元EST-SSR多态性标记对200份核心资源进行检测,共得到129个观测等位变异,每个位点检测到2～3个;Shannon多样性指数为0.3093～1.0910,平均为0.7277;多态性信息含量为0.1948～0.8211,平均为0.5104.基于UPGMA将200份资源划分为6个群组.基于Structure的遗传结构(K=7)将资源划分为7个类群,黍稷资源主要来自4个(东北地区、华北地区、黄土高原和北方地区)基因库.基于主成分分析将材料聚为6个类群,与其地理来源一致.构建了52个四–六碱基重复EST-SSR标记,开发率为26％;用其分析材料的遗传差异发现黍稷地方核心种质遗传多样性较为丰富.
ISSN:0496-3490
DOI:10.3724/SP.J.1006.2023.24201