蜡样芽孢杆菌GW-01全基因组测序及生物学特性分析

• Published in: 食品工业科技 Vol. 45; no. 7; pp. 167 - 176
• Main Authors: 刘珊, 蒋杨丹, 颜佶沙, 谢宇宣, 赵思佳, 何启田, 赵甲元
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 西南土地资源评价与监测教育部重点实验室(四川师范大学),四川成都 610101 01.04.2024; 四川师范大学生命科学学院,四川成都 610101%浙江大学生物系统工程与食品工程学院,浙江杭州 310000
• Subjects: 蜡样芽孢杆菌; 生物学特性; whole genome sequencing; 全基因组测序; Bacillus cereus; biological characteristics; safety; 安全性
• ISSN: 1002-0306
• DOI: 10.13386/j.issn1002-0306.2023060031

TS201.3; 目的:通过全基因组测序和生物信息学,研究前期筛选可降解高效氯氰菊酯(β-CY)蜡样芽孢杆菌GW-01的基因组序列信息和生物学特性,为其安全性评估提供参考.方法:利用HPLC验证了GW-01降解β-CY的能力.GW-01的整个基因组基于二代Illumina NovaSeq与三代PacBio Sequel测序平台相结合的测序技术,对菌株GW-01进行全基因组测序,并对测序数据进行基因组组装、基因预测与功能注释、碳水化合物活性酶预测、毒力因子和抗生素抗性分析,此外,还基于gyrA 基因序列对菌株GW-01构建系统发育树.结果:GW-01在第 6 d可降解 48.4%的β-CY;GW-01菌株全基因组大小为 5244145 bp,基因组类型为环状,平均GC含量 36.43%,共编码 5314个基因,含有 104个tRNA基因,313个ncRNA,GW-01菌株全基因组序列在GO、KEGG、COG、NR和 Swiss-Prot、CAZy、VFDB、CARD数据库分别注释到基因3536、4714、4434、5290、3854、135、263和96个,GW-01与其他四个近缘菌株相比显示出高GC含量,并且毒力因子和耐药基因较少.结论:GW-01与其近缘菌相比,显示出明显不同的进化途径和毒素编码基因,表明其安全性较高.