产褐藻胶裂解酶菌株S10的鉴定、全基因组测序及分析

TS201.3; 为了详细解析从仿刺参肠道中分离出1 株具有较高酶活力高产褐藻胶裂解酶菌株S10的基因组序列信息,进而深入挖掘与褐藻胶裂解酶相关的基因资源,本研究通过形态学观察和16S rRNA序列分析对菌株S10进行菌种鉴定,然后利用Illumina二代测序技术和第三代高通量PacBio测序平台对菌株S10进行全基因组测序,并使用相关软件对测序数据进行基因组组装、基因预测及基因功能注释等.此外,根据注释结果对菌株S10中所含的3 组假定褐藻胶裂解酶基因序列进行生物信息学分析及结构预测.结果表明,菌株S10被鉴定为Vibrio alginolyticus,基因组总长度为5 397 046 bp...

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Published in食品科学 Vol. 45; no. 22; pp. 73 - 84
Main Authors 刘芳, 舒志强, 王共明, 井月欣, 赵云苹, 徐英江, 矫春娜, 张健
Format Magazine Article
LanguageChinese
Published 山东省海洋资源与环境研究院,烟台市海珍品质量安全控制与精深加工重点实验室,山东 烟台 264006%山东省海洋资源与环境研究院,烟台市海珍品质量安全控制与精深加工重点实验室,山东 烟台 264006 25.11.2024
上海海洋大学食品学院,上海 201306
Subjects
whole genome sequencing
alginate lyase
基因功能注释
生物信息学
全基因组测序
gene functional annotation
bioinformatics
褐藻胶裂解酶
Vibrio alginolyticus
溶藻弧菌
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ISSN1002-6630
DOI10.7506/spkx1002-6630-20240228-147

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Summary:TS201.3; 为了详细解析从仿刺参肠道中分离出1 株具有较高酶活力高产褐藻胶裂解酶菌株S10的基因组序列信息,进而深入挖掘与褐藻胶裂解酶相关的基因资源,本研究通过形态学观察和16S rRNA序列分析对菌株S10进行菌种鉴定,然后利用Illumina二代测序技术和第三代高通量PacBio测序平台对菌株S10进行全基因组测序,并使用相关软件对测序数据进行基因组组装、基因预测及基因功能注释等.此外,根据注释结果对菌株S10中所含的3 组假定褐藻胶裂解酶基因序列进行生物信息学分析及结构预测.结果表明,菌株S10被鉴定为Vibrio alginolyticus,基因组总长度为5 397 046 bp,GC含量为44.59%,由2 条染色体和1 条质粒组成.预测共有4 936 个编码基因,127 个tRNA基因和37 个rRNA基因.在直系同源集、基因本体论、京都基因与基因组百科全书和碳水化合物活性酶数据库中分别注释到4 039、3 163、3 104 个和96 个功能基因.此外,在菌株S10中发现了3 组潜在的褐藻胶裂解酶基因alg4755、alg4756和alg4760.生物信息学分析结果表明,褐藻胶裂解酶Alg4755、Alg4756和Alg4760均属于多糖裂解酶家族7(polysaccharide lyases,PL7)蛋白,具有3 个PL7家族高度保守的基序(R*E*R、Q(I/V)H、Y*KAG*Y*Q).综上,S10菌株全基因组测序及分析对该菌的高效产酶机制研究和新型褐藻胶裂解酶的挖掘具有重要意义,可为后期酶的表达及工业化应用提供理论基础.
ISSN:1002-6630
DOI:10.7506/spkx1002-6630-20240228-147