血清蛋白质组高丰度蛋白去除方法比较研究

O657.63; 基于健康人群(HC)和肝癌人群(HCC)的血清样本,本研究比较了高选择Top14高丰度蛋白去除试剂盒(Top14)、DMB低丰度蛋白富集试剂盒(DMB)2种血清蛋白质组前处理方案的优劣势.对于HC样本,DMB处理组鉴定的蛋白质数量是Top14处理组的 2.6倍,是未处理血清原液(Blank)样本的 3.9倍;对于HCC样本,DMB处理组鉴定的蛋白质数量是Top14处理组的 3.7倍,Blank组的 6.2倍.通过分析蛋白组的丰度排序散点图,发现Top14预处理对高丰度蛋白质的去除效果显著;但相较于DMB预处理,低丰度蛋白质的鉴定覆盖率较低.在蛋白质组鉴定频率方面,DMB处理样...

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Published in质谱学报 Vol. 45; no. 4; pp. 519 - 530
Main Authors 赵佳威, 陆澳, 赵洋, 孟波, 叶子弘
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 中国计量大学生命科学学院,浙江省生物计量及检验检疫技术重点实验室,浙江杭州 310018 01.07.2024
中国计量科学研究院前沿计量科学中心,国家市场监管技术创新中心(质谱),北京 100029%中国计量科学研究院前沿计量科学中心,国家市场监管技术创新中心(质谱),北京 100029
Subjects
liquid chromatography-tandem mass spectrometry(LC-MS/MS)
蛋白质组
proteomics
serum
血清
液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)
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Summary:O657.63; 基于健康人群(HC)和肝癌人群(HCC)的血清样本,本研究比较了高选择Top14高丰度蛋白去除试剂盒(Top14)、DMB低丰度蛋白富集试剂盒(DMB)2种血清蛋白质组前处理方案的优劣势.对于HC样本,DMB处理组鉴定的蛋白质数量是Top14处理组的 2.6倍,是未处理血清原液(Blank)样本的 3.9倍;对于HCC样本,DMB处理组鉴定的蛋白质数量是Top14处理组的 3.7倍,Blank组的 6.2倍.通过分析蛋白组的丰度排序散点图,发现Top14预处理对高丰度蛋白质的去除效果显著;但相较于DMB预处理,低丰度蛋白质的鉴定覆盖率较低.在蛋白质组鉴定频率方面,DMB处理样本中可定量蛋白质数量明显多于 Top14处理组和 Blank组.Top14处理组和Blank组中鉴定的蛋白质超过 50%可在DMB处理组中被鉴定到,且其鉴定蛋白质的KEGG分析结果基本可在DMB方案中被覆盖.在DMB预处理的肝癌血清中鉴定到 47个差异蛋白质,而在Top14处理组和Blank组中分别只鉴定到 15、17个差异蛋白质.通过对各组差异蛋白质编码基因的KEGG分析,DMB、Top14预处理组和Blank样本的差异蛋白质分别富集到 21、5、1条通路,表明DMB预处理更适用于血清样本蛋白质组的分析.基于DMB预处理方法,本研究发现HSP90AB1、SPP1、ACTR3、SNCA、PECAM1和SRC在肝癌血清样本中显著上调,可作为肝癌筛查候选生物标志物.
ISSN:1004-2997
DOI:10.7538/zpxb.2023.0121