三个多倍体猕猴桃基因组Survey分析及系统进化研究

• Published in: 果树学报 Vol. 41; no. 11; pp. 2214 - 2223
• Main Authors: 周嘉, 王飞飞, 仲伟敏, 齐勇, 刘青, 史斌斌, 张晟, 牛歆雨, 郑乾明, 唐冬梅
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 贵州省农业科学院果树科学研究所,贵阳550006%贵州省农业科学院果树科学研究所,贵阳550006 2024; 西藏农牧学院植物科学学院,西藏林芝 860000%西藏农牧学院植物科学学院,西藏林芝 860000
• Subjects: 基因组survey分析; Genome size; 系统进化; 基因组大小; Genome survey analysis; Kiwifruit; 猕猴桃; System evolution
• ISSN: 1009-9980
• DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20240477

S663.4; [目的]全面了解多倍体猕猴桃种质资源的染色体倍性和基因组特征,并分析其在猕猴桃属植物中的系统进化关系,以期为多倍体猕猴桃全基因组组装提供参考.[方法]基于流式细胞术分析中华猕猴桃AcD2301(Actinidia chi-nensis)、软枣猕猴桃AcD2302(Actinidia arguta)、对萼猕猴桃AcD2303(Actinidia valvata)染色体倍性,利用Illumina二代测序平台开展基因组Survey分析,并基于SNP构建15种猕猴桃属植物系统进化树.[结果]中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性分别为四倍体、四倍体、六倍体,与survey分析结果一致.K-mer分析预测中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303单套基因组大小分别约为626 Mb、668 Mb、585 Mb,杂合度为3.00％、3.30％、8.06％,重复序列比例为43.70％、45.30％、40.70％.系统进化树显示软枣猕猴桃与对萼猕猴桃亲缘关系较近,且均从中华猕猴桃独立进化而来.[结论]分析了中华猕猴桃AcD2301、软枣猕猴桃AcD2302、对萼猕猴桃AcD2303的染色体倍性、基因组大小和系统进化关系,为将来开展多倍体猕猴桃全基因组测序提供了参考,也为深入研究猕猴桃多倍化和系统进化提供了理论支持.