海带雌配子体细菌人工染色体(BAC)文库构建及特异分子标记邻近基因的图位克隆与序列

S917.3; UV性别决定系统在一些低等生物生活史的单倍体阶段展现出特定的进化和遗传特性.实验构建了一个海带雌配子体基因组的细菌人工染色体(BAC)文库,结果显示,该文库包含31872个克隆,插入片段平均长为115 kb,覆盖6.57倍的海带基因组.利用海带雌配子体特异性的标记FRML-1488的序列为探针筛选BAC文库,获得4个阳性BAC克隆.随机挑选一个克隆(638-C12),通过Roche454第二代测序平台进行测序,并经过间隔序列的扩增、克隆和测序,了解到该BAC克隆的插入片段长为86996 bp.该序列位于海带基因组的Scaffold285上,占后者序列总长的22.4％.序列分析结...

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Published in水产学报 Vol. 45; no. 5; pp. 672 - 681
Main Authors 刘鹏飞, 谷俊刚, 毕燕会, 周志刚
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 上海海洋大学,水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,上海201306%上海海洋大学,水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,上海201306 01.05.2021
上海海洋大学,国家海洋生物科学国际联合研究中心,上海201306%上海海洋大学,国家海洋生物科学国际联合研究中心,上海201306
Subjects
海带
细菌人工染色体(BAC)文库
图位克隆
雌配子体
分子标记
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ISSN1000-0615
DOI10.11964/jfc.20200112143

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Summary:S917.3; UV性别决定系统在一些低等生物生活史的单倍体阶段展现出特定的进化和遗传特性.实验构建了一个海带雌配子体基因组的细菌人工染色体(BAC)文库,结果显示,该文库包含31872个克隆,插入片段平均长为115 kb,覆盖6.57倍的海带基因组.利用海带雌配子体特异性的标记FRML-1488的序列为探针筛选BAC文库,获得4个阳性BAC克隆.随机挑选一个克隆(638-C12),通过Roche454第二代测序平台进行测序,并经过间隔序列的扩增、克隆和测序,了解到该BAC克隆的插入片段长为86996 bp.该序列位于海带基因组的Scaffold285上,占后者序列总长的22.4％.序列分析结果显示,在雌配子体特异性标记FRML-1488的上游存在大量的微卫星以及Copia逆转录转座子等重复序列.推测BAC克隆638-C12的插入片段可能与海带U染色体的性别决定区相关.本研究是BAC文库在海带性别相关序列图位克隆的首次应用报道,将有助于海带性别染色体结构的揭示及性别决定机制的解析.
ISSN:1000-0615
DOI:10.11964/jfc.20200112143