팽이버섯(Flammulina velutipes)의 Genome-wide SNP (Single Nucleotide Polymorphism)에 의한 계통 분석

• Published in: Hangug gynnhaghoi ji Vol. 43; no. 4; pp. 231 - 238
• Main Authors: 우성이, Sung I Woo, 김은선, Eun Seon Kim, 한재구, Jae Gu Han, 장갑열, Kab Yeul Jang, 신평균, Pyung Gyun Shin, 오연이, Youn Lee Oh, 오민지, Min Ji Oh, 조성환, Sung Hwan Jo, 이정희, Jeong Hee Lee, 김경수, Kyung Soo Kim, 공원식, Won Sik Kong
• Format: Journal Article
• Language: Korean
• Published: 한국균학회 31.12.2015
• Subjects: Flammulina velutipes; Phylogenetic analysis; Single nucleotide polymorphisms; SNP; 생물학; Phylogenetic analysis; Single nucleotide polymorphisms; SNP; Flammulina velutipes
• ISSN: 0253-651X; 2383-5249

팽이버섯(Flammulina velutipes) 25품종의 유전체 재분석데이터를 표준유전체(KACC42781)와 비교하여 genomewide single nucleotide polymorphism (SNP)를 선발하였다. 균주에 따른 mapping율의 차이는 균주간 변이를 반영하였으며, genome-wide SNP분포는 homozygous SNP, heterozygous SNP로 구분되었으며 모두 균주에 따른 변이가 크게 나타났다. 수집균주들 사이의 유연관계를 살펴보기 위해, 계통수를 그려본 결과, Group I은 F. velutipes var. 계통인 ASI 4062, 4148, 4195이 묶여지고, Group II는 ASI 4188 F. elastica, ASI 4190 F. fennae, ASI 4194 F. rossica의 다른 종이 별도의 그룹을 형성하였다. 그 외 F. velutipes19개 계통은 같은 그룹으로 나타났으며 그 유전적 자리를잘 반영하였다. 한편 백색 group과 갈색 group을 유연관계로 분석하고자 시도하였으나 색깔에 따른 group은 이루어지지 않았다. 한국 백색 품종인 ASI 4210, 4166, 4178과 일본 백색 품종인 ASI 4209, 4167을 분석한 결과 phylogenetic tree상에서 한국 백색 품종과 일본 백색 품종간의 유전적 상동성이 매우 높음을 확인할 수 있었다. Genome-wide reanalyzed data of 25 Flammulina strains were compared against the reference genome (KACC42780) to establish a genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP). The rate of mapping differences between the strains reflected in the strain variation in its result. Genome-wide SNPs distribution divided into types of homozygous SNP and heterozygous SNP moreover all of the strains demonstrated a wide variation in all of the regions. In the further study of topological relationship between the collected strains, phylogenetic tree was separated into 3 major groups. Group I contained F. velutipes var. related strains of ASI 4062, 4148, 4195. Group 2 contained strains that are different species of ASI 4188 F. elastica, ASI 4190 F. fennae, and ASI 4194 F. rossica. The other 19 strains F. velutipes were classified as a single group. However, further experiment to discriminate its genetic relationship between the white group and brown group did not verify its validity. The inferred tree exhibited a phylogenetic relationship between Korea white fruitbody forming strains of ASI 4210, 4166, 4178 and Japan white fruitbody forming strains of ASI 4209, 4167 confirmed to be genetically closely related.