半導体マイクロチップ対応次世代シーケンサーを用いたがん関連遺伝子の解析

「和文抄録」 半導体マイクロチップ技術を利用した次世代DNAシーケンサーは, 比較的長いリード長や迅速な解析等の利点から急速に普及しつつある. また, がんなどの疾患を標的としたアンプリコンライブラリー作製技術も進展し, 両者を組み合わせた大規模変異遺伝子解析がより身近なものになった. 現在我々の研究室で行っている解析を例に, 臨床サンプルを用いたがん関連遺伝子体細胞変異同定法について紹介する. 「はじめに」 近年の大規模遺伝子解析技術の進展は目覚ましく, ベンチトップの機器を用いたギガベース規模のゲノム解析も可能となり, 小規模の研究グループでも利用可能になってきた. Life Techno...

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Published in山口医学 Vol. 63; no. 4; pp. 253 - 256
Main Authors 水上, 洋一, 井上, 雄太郎, 狩生, 徹
Format Journal Article
LanguageJapanese
Published 山口大学医学会 01.11.2014
Subjects
がん遺伝子
体細胞変異
次世代シーケンサー
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ISSN0513-1731
1880-4462
DOI10.2342/ymj.63.253

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Abstract 「和文抄録」 半導体マイクロチップ技術を利用した次世代DNAシーケンサーは, 比較的長いリード長や迅速な解析等の利点から急速に普及しつつある. また, がんなどの疾患を標的としたアンプリコンライブラリー作製技術も進展し, 両者を組み合わせた大規模変異遺伝子解析がより身近なものになった. 現在我々の研究室で行っている解析を例に, 臨床サンプルを用いたがん関連遺伝子体細胞変異同定法について紹介する. 「はじめに」 近年の大規模遺伝子解析技術の進展は目覚ましく, ベンチトップの機器を用いたギガベース規模のゲノム解析も可能となり, 小規模の研究グループでも利用可能になってきた. Life Technologies社製Ion PGMシーケンサーは半導体マイクロチップを利用してDNA伸長時に放出されるプロトンを検出する世界初の次世代シーケンサーである. 塩基の蛍光標識や光学的検出方法が不要で迅速な解析(1週間以内で解析終了)が可能である.
AbstractList 半導体マイクロチップ技術を利用した次世代DNAシーケンサーは，比較的長いリード長や迅速な解析等の利点から急速に普及しつつある．また，がんなどの疾患を標的としたアンプリコンライブラリー作製技術も進展し，両者を組み合わせた大規模変異遺伝子解析がより身近なものになった．現在我々の研究室で行っている解析を例に，臨床サンプルを用いたがん関連遺伝子体細胞変異同定法について紹介する．
「和文抄録」 半導体マイクロチップ技術を利用した次世代DNAシーケンサーは, 比較的長いリード長や迅速な解析等の利点から急速に普及しつつある. また, がんなどの疾患を標的としたアンプリコンライブラリー作製技術も進展し, 両者を組み合わせた大規模変異遺伝子解析がより身近なものになった. 現在我々の研究室で行っている解析を例に, 臨床サンプルを用いたがん関連遺伝子体細胞変異同定法について紹介する. 「はじめに」 近年の大規模遺伝子解析技術の進展は目覚ましく, ベンチトップの機器を用いたギガベース規模のゲノム解析も可能となり, 小規模の研究グループでも利用可能になってきた. Life Technologies社製Ion PGMシーケンサーは半導体マイクロチップを利用してDNA伸長時に放出されるプロトンを検出する世界初の次世代シーケンサーである. 塩基の蛍光標識や光学的検出方法が不要で迅速な解析(1週間以内で解析終了)が可能である.
Author 井上, 雄太郎
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References 1) Yang MM, Singhal A, Rassekh SR, Yip S, Eydoux P, Dunham C. Possible differentiation of cerebral glioblastoma into pleomorphic xanthoastrocytoma：an unusual case in an infant. J Neurosurg Pediatr 2012；9：517-523.
2) Kim JG, Takeshima H, Niwa T, Rehnberg E, Shigematsu Y, Yoda Y, Yamashita S, Kushima R, Maekita T, Ichinose M, Katai H, Park WS, Hong YS, Park CH, Ushijima T. Comprehensive DNA methylation and extensive mutation analyses reveal an association between the CpG island methylator phenotype and oncogenic mutations in gastric cancers. Cancer Lett 2013；330：33-40.
3) Palles C, et al. Germline mutations affecting the proofreading domains of POLE and POLD1 predispose to colorectal adenomas and carcinomas. Nat Genet 2012；45：136-144.
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「和文抄録」 半導体マイクロチップ技術を利用した次世代DNAシーケンサーは, 比較的長いリード長や迅速な解析等の利点から急速に普及しつつある. また, がんなどの疾患を標的としたアンプリコンライブラリー作製技術も進展し, 両者を組み合わせた大規模変異遺伝子解析がより身近なものになった....
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