ゲノム網羅的関連解析による疾患感受性遺伝子の探索
罹患率が比較的高い疾患の多くは複数の遺伝素因，非遺伝要因，また，それらの複雑な組合せが原因であることが知られている．個々の遺伝子の寄与は比較的小さいため，明らかなメンデル型遺伝形式を示す疾患とは異なり，連鎖解析によるアプローチでは遺伝素因の解明は困難であった．このような疾患に対しては，ゲノム網羅的関連解析（GWAS）がより強力な手段になることが示されており，近年，多くのGWAS が行われている．本稿では我々が行った胃がん感受性遺伝子探索のためのGWAS を紹介する．この研究の結果，diffuse 型胃がんの新規感受性遺伝子としてPSCA 遺伝子を同定した．...
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| Published in | 家族性腫瘍 Vol. 9; no. 2; pp. 78 - 81 |
|---|---|
| Main Authors | , , , |
| Format | Journal Article |
| Language | Japanese |
| Published |
日本家族性腫瘍学会
2009
一般社団法人日本遺伝性腫瘍学会 The Japanese Society for Hereditary Tumors |
| Subjects | |
| Online Access | Get full text |
| ISSN | 1346-1052 2189-6674 |
| DOI | 10.18976/jsft.9.2_78 |
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| Abstract | 罹患率が比較的高い疾患の多くは複数の遺伝素因，非遺伝要因，また，それらの複雑な組合せが原因であることが知られている．個々の遺伝子の寄与は比較的小さいため，明らかなメンデル型遺伝形式を示す疾患とは異なり，連鎖解析によるアプローチでは遺伝素因の解明は困難であった．このような疾患に対しては，ゲノム網羅的関連解析（GWAS）がより強力な手段になることが示されており，近年，多くのGWAS が行われている．本稿では我々が行った胃がん感受性遺伝子探索のためのGWAS を紹介する．この研究の結果，diffuse 型胃がんの新規感受性遺伝子としてPSCA 遺伝子を同定した． |
|---|---|
| AbstractList | Most common diseases develop through complex interactions among multiple genetic factors and nongenetic （e.g. environmental） factors. Identifying the susceptibility genes has been difficult, because, unlike Mendelian diseases, each causal gene makes a small contribution to the pathogenesis of a disease. Genome wide association study （GWAS） is known as a potentially powerful approach for common complex diseases. Recently, many GWASs have been carried out to detect such causal genes. Here we briefly outline the basic concepts of GWAS and introduce our first experience, from which the PSCA gene was detected as a susceptibility gene of the diffuse type gastric cancer.
罹患率が比較的高い疾患の多くは複数の遺伝素因，非遺伝要因，また，それらの複雑な組合せが原因であることが知られている．個々の遺伝子の寄与は比較的小さいため，明らかなメンデル型遺伝形式を示す疾患とは異なり，連鎖解析によるアプローチでは遺伝素因の解明は困難であった．このような疾患に対しては，ゲノム網羅的関連解析（GWAS）がより強力な手段になることが示されており，近年，多くのGWAS が行われている．本稿では我々が行った胃がん感受性遺伝子探索のためのGWAS を紹介する．この研究の結果，diffuse 型胃がんの新規感受性遺伝子としてPSCA 遺伝子を同定した． 罹患率が比較的高い疾患の多くは複数の遺伝素因, 非遺伝要因, また, それらの複雑な組合せが原因であることが知られている. 個々の遺伝子の寄与は比較的小さいため, 明らかなメンデル型遺伝形式を示す疾患とは異なり, 連鎖解析によるアプローチでは遺伝素因の解明は困難であった. このような疾患に対しては, ゲノム網羅的関連解析(GWAS)がより強力な手段になることが示されており, 近年, 多くのGWASが行われている. 本稿では我々が行った胃がん感受性遺伝子探索のためのGWASを紹介する. この研究の結果, diffuse型胃がんの新規感受性遺伝子としてPSCA遺伝子を同定した. 「I. common complex diseaseに対する感受性遺伝子の探索」 過去20年間に, 多くのメンデル型遺伝性疾患に関する遺伝素因の解明が成功した. メンデル型疾患の原因遺伝子は主に連鎖解析, ポジショナルクローニングを通じて同定され, 疾患の分子的, 生理学的基礎の解明に始まり, 予防や診断, さらには治療法の向上に貢献している1). 罹患率が比較的高い疾患の多くは複数の遺伝素因，非遺伝要因，また，それらの複雑な組合せが原因であることが知られている．個々の遺伝子の寄与は比較的小さいため，明らかなメンデル型遺伝形式を示す疾患とは異なり，連鎖解析によるアプローチでは遺伝素因の解明は困難であった．このような疾患に対しては，ゲノム網羅的関連解析（GWAS）がより強力な手段になることが示されており，近年，多くのGWAS が行われている．本稿では我々が行った胃がん感受性遺伝子探索のためのGWAS を紹介する．この研究の結果，diffuse 型胃がんの新規感受性遺伝子としてPSCA 遺伝子を同定した． |
| Author | 坂本, 裕美 吉田, 輝彦 口羽, 文 佐伯, 宣久 |
| Author_FL | Saeki Norihisa Kuchiba Aya Yoshida Teruhiko Sakamoto Hiromi |
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| Copyright | 2009 The Japanese Society for Familial Tumors |
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| CorporateAuthor | 国立がんセンター研究所腫瘍ゲノム解析・情報研究部 |
| CorporateAuthor_xml | – name: 国立がんセンター研究所腫瘍ゲノム解析・情報研究部 |
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| DOI | 10.18976/jsft.9.2_78 |
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| DocumentTitleAlternate | Genome Wide Association Studies for Common Complex Diseases |
| DocumentTitle_FL | Genome Wide Association Studies for Common Complex Diseases |
| EISSN | 2189-6674 |
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| ISSN | 1346-1052 |
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| Issue | 2 |
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| PublicationDecade | 2000 |
| PublicationTitle | 家族性腫瘍 |
| PublicationTitleAlternate | 家族性腫瘍 |
| PublicationTitle_FL | 家族性腫瘍 JOURNAL OF FAMILIAL TUMORS |
| PublicationYear | 2009 |
| Publisher | 日本家族性腫瘍学会 一般社団法人日本遺伝性腫瘍学会 The Japanese Society for Hereditary Tumors |
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| References | 9）Balding DJ : A tutorial on statistical methods for population association studies. Nat Rev Genet 2006 ; 7 : 781–791. 1）Botstein D, Risch N : Discovering genotypes underlying human phenotypes: past successes for mendelian disease, future approaches for complex disease. Nat Genet 2003 ; 33 : Suppl228–237. 14）Yoshida T, Yoshimura K : Outline of disease gene hunting approaches in the Millennium Genome Project of Japan. Proc Jpn Acad 2003 ; 79 : 34–50. 7）Wellcome Trust Case Control Consortium : Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls. Nature 2007 ; 447 : 661–678. 4）Lander ES, Linton LM, Birren B, et al. : Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001 ; 409 : 860–921. 8）Hirschhorn JN, Daly MJ : Genome-wide association studies for common diseases and complex traits. Nat Rev Genet 2005 ; 6 : 95–108. 11）財団法人がん研究振興財団 : がんの統計08．2008. 13）中村恭一 : 胃癌の構造 第3 版, 東京 : 医学書院，2005 3）Risch N, Merikangas K : The future of genetic studies of complex human diseases. Science 1996 ; 273 : 1516–1517. 5）The International HapMap Consortium : The International HapMap Project. Nature 2003 ; 426 : 789–796. 6）The International HapMap Consortium : A haplotype map of the human genome. Nature 2005 ; 437 : 1299–1320. 2）Khoury MJ, Little J, Gwinn M, Ioannidis JPA : On the synthesis and interpretation of consistent but weak gene-disease associations in the era of genome-wide association studies. Int J Epidemiol 2007 ; 36 : 439–445. 10）Sakamoto H, Yoshimura K, Saeki N, et al. : Genetic variation in PSCA is associated with susceptibility to diffuse-type gastric cancer. Nat Genet 2008 ; 40 : 730–740. 12）Japanese Gastric Cancer Association Registration Committee : Gastric cancer treated in 1991 in Japan: data analysis of nationwide registry. Gastric Cancer 2006 ; 9 : 51–66. |
| References_xml | – reference: 8）Hirschhorn JN, Daly MJ : Genome-wide association studies for common diseases and complex traits. Nat Rev Genet 2005 ; 6 : 95–108. – reference: 9）Balding DJ : A tutorial on statistical methods for population association studies. Nat Rev Genet 2006 ; 7 : 781–791. – reference: 3）Risch N, Merikangas K : The future of genetic studies of complex human diseases. Science 1996 ; 273 : 1516–1517. – reference: 4）Lander ES, Linton LM, Birren B, et al. : Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001 ; 409 : 860–921. – reference: 5）The International HapMap Consortium : The International HapMap Project. Nature 2003 ; 426 : 789–796. – reference: 6）The International HapMap Consortium : A haplotype map of the human genome. Nature 2005 ; 437 : 1299–1320. – reference: 12）Japanese Gastric Cancer Association Registration Committee : Gastric cancer treated in 1991 in Japan: data analysis of nationwide registry. Gastric Cancer 2006 ; 9 : 51–66. – reference: 11）財団法人がん研究振興財団 : がんの統計08．2008. – reference: 13）中村恭一 : 胃癌の構造 第3 版, 東京 : 医学書院，2005． – reference: 2）Khoury MJ, Little J, Gwinn M, Ioannidis JPA : On the synthesis and interpretation of consistent but weak gene-disease associations in the era of genome-wide association studies. Int J Epidemiol 2007 ; 36 : 439–445. – reference: 7）Wellcome Trust Case Control Consortium : Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls. Nature 2007 ; 447 : 661–678. – reference: 10）Sakamoto H, Yoshimura K, Saeki N, et al. : Genetic variation in PSCA is associated with susceptibility to diffuse-type gastric cancer. Nat Genet 2008 ; 40 : 730–740. – reference: 14）Yoshida T, Yoshimura K : Outline of disease gene hunting approaches in the Millennium Genome Project of Japan. Proc Jpn Acad 2003 ; 79 : 34–50. – reference: 1）Botstein D, Risch N : Discovering genotypes underlying human phenotypes: past successes for mendelian disease, future approaches for complex disease. Nat Genet 2003 ; 33 : Suppl228–237. |
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| SourceID | nii medicalonline jstage |
| SourceType | Publisher |
| StartPage | 78 |
| SubjectTerms | genome wide association study, common complex disease, diffuse type gastric cancer, disease susceptibility gene, PSCA gene ゲノム網羅的関連解析，common complex disease，diffuse 型胃がん，疾患感受性遺伝子，PSCA 遺伝子 |
| Title | ゲノム網羅的関連解析による疾患感受性遺伝子の探索 |
| URI | https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsft/9/2/9_78/_article/-char/ja http://mol.medicalonline.jp/en/journal/download?GoodsID=cg3kazok/2009/000902/012&name=0078-0081j https://cir.nii.ac.jp/crid/1390282763073583616 |
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