化学物質の構造類似性にもとづくデータマイニング
本研究では筆者らが先に提案したトポロジカルフラグメントスペクトル（Topological Fragment Spectra, TFS）による新たな構造情報の記述手法をもとに，特定の部分構造の有無のみならず化学構造全体の漠然とした類似性をも考慮したよりやわらかな構造情報の取り扱いとその化学データマイニングへの応用について検討した．構造類似性評価におけるTFS法の有用性と薬物構造データベースを対象としたデータマイニングへの応用の可能性を検証するため，World Drug Index（WDI）より抽出した3,637件の薬物構造データベースを対象に， TFSデータベースを作成した．これを利用し，神経伝...
Saved in:
| Published in | Journal of Computer Chemistry, Japan Vol. 2; no. 4; pp. 119 - 126 |
|---|---|
| Main Authors | , , |
| Format | Journal Article |
| Language | Japanese |
| Published |
日本コンピュータ化学会
2003
|
| Subjects | |
| Online Access | Get full text |
| ISSN | 1347-1767 1347-3824 |
| DOI | 10.2477/jccj.2.119 |
Cover
| Abstract | 本研究では筆者らが先に提案したトポロジカルフラグメントスペクトル（Topological Fragment Spectra, TFS）による新たな構造情報の記述手法をもとに，特定の部分構造の有無のみならず化学構造全体の漠然とした類似性をも考慮したよりやわらかな構造情報の取り扱いとその化学データマイニングへの応用について検討した．構造類似性評価におけるTFS法の有用性と薬物構造データベースを対象としたデータマイニングへの応用の可能性を検証するため，World Drug Index（WDI）より抽出した3,637件の薬物構造データベースを対象に， TFSデータベースを作成した．これを利用し，神経伝達物質として知られるドーパミンをQueryとした類似構造検索を試みたところ，化学者の直感に矛盾しない良好な結果を得ることができた．また，上記の検索結果をもとに得られた構造類似化合物についてのドーパミン活性の有無を調べてみたところ，複数の化合物が同活性を有するものであることが明らかとなった．このことは構造類似性にもとづく候補構造発見のためのデータマイニングの有用性を示唆するものであると考える． |
|---|---|
| AbstractList | 本研究では筆者らが先に提案したトポロジカルフラグメントスペクトル（Topological Fragment Spectra, TFS）による新たな構造情報の記述手法をもとに，特定の部分構造の有無のみならず化学構造全体の漠然とした類似性をも考慮したよりやわらかな構造情報の取り扱いとその化学データマイニングへの応用について検討した．構造類似性評価におけるTFS法の有用性と薬物構造データベースを対象としたデータマイニングへの応用の可能性を検証するため，World Drug Index（WDI）より抽出した3,637件の薬物構造データベースを対象に， TFSデータベースを作成した．これを利用し，神経伝達物質として知られるドーパミンをQueryとした類似構造検索を試みたところ，化学者の直感に矛盾しない良好な結果を得ることができた．また，上記の検索結果をもとに得られた構造類似化合物についてのドーパミン活性の有無を調べてみたところ，複数の化合物が同活性を有するものであることが明らかとなった．このことは構造類似性にもとづく候補構造発見のためのデータマイニングの有用性を示唆するものであると考える． |
| Author | 加藤, 博明 高橋, 由雅 藤島, 悟志 |
| Author_xml | – sequence: 1 fullname: 加藤, 博明 organization: 豊橋技術科学大学 知識情報工学系 – sequence: 1 fullname: 藤島, 悟志 organization: 豊橋技術科学大学 知識情報工学系 – sequence: 1 fullname: 高橋, 由雅 organization: 豊橋技術科学大学 知識情報工学系 |
| BookMark | eNo9kM1Kw0AUhQepYK3d-B6JM5OZTmYjSKk_UHCj6zCZJJpQqyTduGuShUgFdy6Lglp_UIRuAz7MtdW-hVGLi8s9nHO5fJxlVOked32EVgk2KRNiLdI6MqlJiFxAVWIxYVg2ZZW5JqIhllA9SUIXYyw4JlxWUWtycTV5uf88f_waP0H6Oh0NZv3r2c3woyim_RGkz5BlkD5AegfpJeRnkBeQvUM-hOwW8gHkY8jeVtBioDqJX5_vGtrfbO01t4327tZOc6NtRCUgNSghWnkWl0EpAopdyTjRFCsrCLDHvBIq0OWh39CWpB5XQto2p1y6nstEadbQ-t_fKOmpA985icMjFZ86Ku6FuuM7Pw041GG_U_bwH-hDFTuRsr4BIZtvlQ |
| ContentType | Journal Article |
| Copyright | 2003 日本コンピュータ化学会 |
| Copyright_xml | – notice: 2003 日本コンピュータ化学会 |
| DOI | 10.2477/jccj.2.119 |
| DatabaseTitleList | |
| DeliveryMethod | fulltext_linktorsrc |
| Discipline | Chemistry |
| EISSN | 1347-3824 |
| EndPage | 126 |
| ExternalDocumentID | article_jccj_2_4_2_4_119_article_char_ja |
| GroupedDBID | 29K 2WC ACIWK ALMA_UNASSIGNED_HOLDINGS D-I E3Z EBS EJD GX1 HH5 JSF JSH KQ8 OK1 OVT PQQKQ RJT RNS RZJ TKC XSB |
| ID | FETCH-LOGICAL-j2472-211cad359f11cf20b9451c20a3ff0d4d750fc472e6c392d5a79885259bdb476c3 |
| ISSN | 1347-1767 |
| IngestDate | Wed Sep 03 06:30:03 EDT 2025 |
| IsDoiOpenAccess | true |
| IsOpenAccess | true |
| IsPeerReviewed | false |
| IsScholarly | true |
| Issue | 4 |
| Language | Japanese |
| LinkModel | OpenURL |
| MergedId | FETCHMERGED-LOGICAL-j2472-211cad359f11cf20b9451c20a3ff0d4d750fc472e6c392d5a79885259bdb476c3 |
| OpenAccessLink | https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/2/4/2_4_119/_article/-char/ja |
| PageCount | 8 |
| ParticipantIDs | jstage_primary_article_jccj_2_4_2_4_119_article_char_ja |
| PublicationCentury | 2000 |
| PublicationDate | 20030000 |
| PublicationDateYYYYMMDD | 2003-01-01 |
| PublicationDate_xml | – year: 2003 text: 20030000 |
| PublicationDecade | 2000 |
| PublicationTitle | Journal of Computer Chemistry, Japan |
| PublicationYear | 2003 |
| Publisher | 日本コンピュータ化学会 |
| Publisher_xml | – name: 日本コンピュータ化学会 |
| References | [11] Rarey M., Stahl M., Similarity searching in large combinatorial chemistry spaces, J. Computer-Aided Mol. Des., 15, 497-520 (2001). [2] Carbo R., Molecular Similarity and Reactivity, Kluwer Academic Publishers, Boston (1995). [3] Sussenguth, Jr. E. H., A Graph Theoretic Algorithm for Matching Chemical Structures, J. Chem. Doc., 5, 36-43 (1965). [6] Downs G.M., Gillet V.J., Holiday J.D., Lynch M.F., Review of Ring Perception Algorithms for Chemical Graphs, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 29, 172 (1989). [9] Takahashi Y., Identification of structural similarity of organic molecules, Topics Curr. Chem., 174, 105-133 (1995). [10] Thorner D.A., Wild D.J., Willett P., Wright P.M., Similarity Searching in Files of Three-Dimensional Chemical Structures: Flexible Field-Based Searching of Molecular Electrostatic Potentials, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 36, 900 (1996). [1] Johnson M. A., Maggiora G. M., Concepts and Applications of Molecular Similarity, Wiley, New York (1990). [7] Stanton D.T., Morris T.W., Roychoudhury S., Parker C.N., Application of Nearest-Neighbor and Cluster Analysis in Pharmaceutical Lead Discovery, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 39, 21-27 (1999). [4] Cramer III, R.D., Redl G., Berkoff C.E., Substructural Analysis: Novel Approach to the Problem of Drug Design, J. Med. Chem., 17, 533 (1974). [5] Adamson G.W., Bush J.A., Evaluation of an Empirical Structure- Activity Relationship for Property Prediction in a Structurally Diverse Group of Local Anaesthetics, J. Chem. Soc. Perkin Trans. I, 168-172 (1976). [12] Takahashi Y., Ohoka H., Ishiyama Y., Structural Similarity Analysis Based on Topological Fragment Spectra, Advances in Molecular Similarity, 2, 93-104 (1998). [8] Bajorath J., Selected concepts and Investigations in compounds classification, molecular descriptor analysis, and virtual screening, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 41, 233-245 (2001). |
| References_xml | – reference: [2] Carbo R., Molecular Similarity and Reactivity, Kluwer Academic Publishers, Boston (1995). – reference: [10] Thorner D.A., Wild D.J., Willett P., Wright P.M., Similarity Searching in Files of Three-Dimensional Chemical Structures: Flexible Field-Based Searching of Molecular Electrostatic Potentials, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 36, 900 (1996). – reference: [7] Stanton D.T., Morris T.W., Roychoudhury S., Parker C.N., Application of Nearest-Neighbor and Cluster Analysis in Pharmaceutical Lead Discovery, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 39, 21-27 (1999). – reference: [12] Takahashi Y., Ohoka H., Ishiyama Y., Structural Similarity Analysis Based on Topological Fragment Spectra, Advances in Molecular Similarity, 2, 93-104 (1998). – reference: [8] Bajorath J., Selected concepts and Investigations in compounds classification, molecular descriptor analysis, and virtual screening, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 41, 233-245 (2001). – reference: [9] Takahashi Y., Identification of structural similarity of organic molecules, Topics Curr. Chem., 174, 105-133 (1995). – reference: [1] Johnson M. A., Maggiora G. M., Concepts and Applications of Molecular Similarity, Wiley, New York (1990). – reference: [4] Cramer III, R.D., Redl G., Berkoff C.E., Substructural Analysis: Novel Approach to the Problem of Drug Design, J. Med. Chem., 17, 533 (1974). – reference: [5] Adamson G.W., Bush J.A., Evaluation of an Empirical Structure- Activity Relationship for Property Prediction in a Structurally Diverse Group of Local Anaesthetics, J. Chem. Soc. Perkin Trans. I, 168-172 (1976). – reference: [11] Rarey M., Stahl M., Similarity searching in large combinatorial chemistry spaces, J. Computer-Aided Mol. Des., 15, 497-520 (2001). – reference: [3] Sussenguth, Jr. E. H., A Graph Theoretic Algorithm for Matching Chemical Structures, J. Chem. Doc., 5, 36-43 (1965). – reference: [6] Downs G.M., Gillet V.J., Holiday J.D., Lynch M.F., Review of Ring Perception Algorithms for Chemical Graphs, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 29, 172 (1989). |
| SSID | ssib000750159 ssib001107833 ssj0056974 |
| Score | 1.5751886 |
| Snippet | 本研究では筆者らが先に提案したトポロジカルフラグメントスペクトル（Topological Fragment Spectra,... |
| SourceID | jstage |
| SourceType | Publisher |
| StartPage | 119 |
| SubjectTerms | TFS データマイニング ドラッグデザイン 化学データベース 構造類似性 |
| Title | 化学物質の構造類似性にもとづくデータマイニング |
| URI | https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/2/4/2_4_119/_article/-char/ja |
| Volume | 2 |
| hasFullText | 1 |
| inHoldings | 1 |
| isFullTextHit | |
| isPrint | |
| ispartofPNX | Journal of Computer Chemistry, Japan, 2003, Vol.2(4), pp.119-126 |
| link | http://utb.summon.serialssolutions.com/2.0.0/link/0/eLvHCXMwnV29b9QwFI9KGWBBfIpvdcATypHYThyPzjWnEwNTK3WL8jlkKBW6Lp16dwNCRWLrWIEElA-BkLqexB9jWuh_wbOd5O4KSKVSLnp6_tl-fs-Rn332s2U9YFmOHZJhO3MTxwb_P7ATxnObkIKwghdqCqB2Wzzx-6v08Zq3tnBud2bX0uYg7WRbfz1XcharAg_sqk7J_odl20KBATTYF95gYXifysYo8lDQRdxXhFhGAgiGAo4ER1GAQoKEQBEBbxGJCEU-EpAaooir_Q3CUYRwEYckisKuegCjkliTK9QEVk_NCRrCq4mgpwl4WE2ocnSusElSVWiOoA04bMCkATv_cJSbiycedpvL6cz23o1px9aKELpJAeJMVQMQzV1GXKhm8QAF0RTfwAACEoS-wftKEN7T3B7ibIrnShdQhlIiV9JrPEMcNOeqZB4icytQu4ZC2v6u62daZUB0kWgVROa1QFR5hqj1e0Kbf9pbW46LmcGFUB2Q0whfTHkkMOfImxEJz3x4dGZ0cevRxTgqrgk1cHIMxFT_C19lWdXBnTbLXEzxusfGChTjmOofQOMmQR35iyuYd5zHjLk6enJ_3s2cdYPVGoK-s9p4QJ7PmblMum6vCQusBHs0FQtcvgomQM3mSe3PrVy2LtX9a0kYUa5YC1Vy1brQdrFrVnT4cvfwy_ufLz7-Ovgkh1-P9neOt18fv9n7MZkcbe_L4Wc5GsnhBzl8J4ev5Pi5HE_k6Lsc78nRWznekeMDOfp23VrtRSvdvl1fOmJXICC2setmSU48XgJRYifl1HMz7CSkLJ2c5tD0MgNg4Wcwtci9RAX887DH0zylDJg3rMX1p-vFTWsJZkIJuP95CSO5XqmgLs9z6ud5gLOU4VsWMxqIN0xkmfi0drl95px3rIt6O6peRLxrLQ6ebRb3wK0epPe1jX8DFaOsrQ |
| linkProvider | ABC ChemistRy |
| openUrl | ctx_ver=Z39.88-2004&ctx_enc=info%3Aofi%2Fenc%3AUTF-8&rfr_id=info%3Asid%2Fsummon.serialssolutions.com&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=%E5%8C%96%E5%AD%A6%E7%89%A9%E8%B3%AA%E3%81%AE%E6%A7%8B%E9%80%A0%E9%A1%9E%E4%BC%BC%E6%80%A7%E3%81%AB%E3%82%82%E3%81%A8%E3%81%A5%E3%81%8F%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0&rft.jtitle=Journal+of+Computer+Chemistry%2C+Japan&rft.au=%E5%8A%A0%E8%97%A4%2C+%E5%8D%9A%E6%98%8E&rft.au=%E8%97%A4%E5%B3%B6%2C+%E6%82%9F%E5%BF%97&rft.au=%E9%AB%98%E6%A9%8B%2C+%E7%94%B1%E9%9B%85&rft.date=2003&rft.pub=%E6%97%A5%E6%9C%AC%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%BF%E5%8C%96%E5%AD%A6%E4%BC%9A&rft.issn=1347-1767&rft.eissn=1347-3824&rft.volume=2&rft.issue=4&rft.spage=119&rft.epage=126&rft_id=info:doi/10.2477%2Fjccj.2.119&rft.externalDocID=article_jccj_2_4_2_4_119_article_char_ja |
| thumbnail_l | http://covers-cdn.summon.serialssolutions.com/index.aspx?isbn=/lc.gif&issn=1347-1767&client=summon |
| thumbnail_m | http://covers-cdn.summon.serialssolutions.com/index.aspx?isbn=/mc.gif&issn=1347-1767&client=summon |
| thumbnail_s | http://covers-cdn.summon.serialssolutions.com/index.aspx?isbn=/sc.gif&issn=1347-1767&client=summon |