次世代シーケンサーデータの解析手法 第 10 回 DDBJ への塩基配列の登録（実践編）
多くの学術雑誌は、その論文中で決定された塩基配列を国際塩基配列データベース（International Nucleotide Sequence Database Collaboration; INSDC）に登録することを掲載の条件としている。DNA Data Bank of Japan（DDBJ）は、INSDC を構成する日米欧三極の1 つである。本稿では、DDBJ への登録用アカウントの取得から、Lactobacillus acidipiscis JCM 10692T 株のゲノム配列登録作業について解説する。ウェブサイト（R で）塩基配列解析（URL: http://www.iu.a.u-t...
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| Published in | 日本乳酸菌学会誌 Vol. 28; no. 2; pp. 94 - 100 |
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| Main Authors | , , , , , , , , , |
| Format | Journal Article |
| Language | Japanese |
| Published |
日本乳酸菌学会
26.06.2017
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| Subjects | |
| Online Access | Get full text |
| ISSN | 1343-327X 2186-5833 |
| DOI | 10.4109/jslab.28.94 |
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| Abstract | 多くの学術雑誌は、その論文中で決定された塩基配列を国際塩基配列データベース（International Nucleotide Sequence Database Collaboration; INSDC）に登録することを掲載の条件としている。DNA Data Bank of Japan（DDBJ）は、INSDC を構成する日米欧三極の1 つである。本稿では、DDBJ への登録用アカウントの取得から、Lactobacillus acidipiscis JCM 10692T 株のゲノム配列登録作業について解説する。ウェブサイト（R で）塩基配列解析（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html）中に本連載をまとめた項目（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_book_JSLAB）が存在する。ウェブ資料（以下、W）や関連ウェブサイトなどを効率的に活用してほしい。 |
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| AbstractList | 多くの学術雑誌は、その論文中で決定された塩基配列を国際塩基配列データベース（International Nucleotide Sequence Database Collaboration; INSDC）に登録することを掲載の条件としている。DNA Data Bank of Japan（DDBJ）は、INSDC を構成する日米欧三極の1 つである。本稿では、DDBJ への登録用アカウントの取得から、Lactobacillus acidipiscis JCM 10692T 株のゲノム配列登録作業について解説する。ウェブサイト（R で）塩基配列解析（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html）中に本連載をまとめた項目（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_book_JSLAB）が存在する。ウェブ資料（以下、W）や関連ウェブサイトなどを効率的に活用してほしい。 |
| Author | 李, 慶範 藤澤, 貴智 大熊, 盛也 谷澤, 靖洋 遠野, 雅徳 中村, 保一 門田, 幸二 真島, 淳 坂本, 光央 清水, 謙多郎 |
| Author_xml | – sequence: 1 fullname: 坂本, 光央 organization: 日本医療研究開発機構 PRIME – sequence: 1 fullname: 門田, 幸二 organization: 東京大学 大学院農学生命科学研究科 – sequence: 1 fullname: 中村, 保一 organization: 国立遺伝学研究所DDBJ センター – sequence: 1 fullname: 谷澤, 靖洋 organization: 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター – sequence: 1 fullname: 真島, 淳 organization: 国立遺伝学研究所DDBJ センター – sequence: 1 fullname: 李, 慶範 organization: 国立遺伝学研究所DDBJ センター – sequence: 1 fullname: 清水, 謙多郎 organization: 東京大学 大学院農学生命科学研究科 – sequence: 1 fullname: 藤澤, 貴智 organization: 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター – sequence: 1 fullname: 遠野, 雅徳 organization: 農業・食品産業技術総合研究機構 畜産研究部門 – sequence: 1 fullname: 大熊, 盛也 organization: 理化学研究所 バイオリソースセンター 微生物材料開発室 |
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| Copyright | 2017 日本乳酸菌学会 |
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| Issue | 2 |
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| PublicationCentury | 2000 |
| PublicationDate | 2017/06/26 |
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| PublicationDecade | 2010 |
| PublicationTitle | 日本乳酸菌学会誌 |
| PublicationTitleAlternate | 日本乳酸菌学会誌 |
| PublicationYear | 2017 |
| Publisher | 日本乳酸菌学会 |
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| References | 3) Tanizawa Y, Fujisawa T, Kaminuma E, Nakamura Y., Arita M. (2016) DFAST and DAGA: Web-based integrated genome annotation tools and resources. Biosci Microbiota Food Health 35: 173-184. 6) Benson DA, Cavanaugh M, Clark K, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ. (2017) GenBank. Nucleic Acids Res 45: D37-D42. 8) 谷澤靖洋，真島, 淳，藤澤貴智，李, 慶範，中村保一，清水謙多郎，門田幸二（2017）次世代シーケンサーデータの解析手法：第 9 回ゲノムアノテーションとその可視化、DDBJ への登録．日本乳酸菌学会誌 28: 3-11. 9) Strasser BJ. (2008) Genetics. GenBank--Natural history in the 21st Century? Science 322: 537-538. 1) Tanasupawat S, Shida O, Okada S, Komagata K. (2000) Lactobacillus acidipiscis sp. nov. and Weissella thailandensis sp. nov., isolated from fermented fish in Thailand. Int J Syst Evol Microbiol 50: 1479-1485. 7) Yilmaz P, Kottmann R, Field D, Knight R, Cole JR, et al. (2011) Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications. Nat Biotechnol 29: 415-420. 2) Kajitani R, Toshimoto K, Noguchi H, Toyoda A, Ogura Y, et al. (2014) Efficient de novo assembly of highly heterozygous genomes from whole-genome shotgun short reads. Genome Res 24: 1384-1395. 5) Kodama Y, Shumway M, Leinonen R; International Nucleotide Sequence Database Collaboration. (2012) The Sequence Read Archive: explosive growth of sequencing data. Nucleic Acids Res 40: D54-56. 4) Mashima J, Kodama Y, Fujisawa T, Katayama T, Okuda Y, et al. (2017) DNA Data Bank of Japan. Nucleic Acids Res 45: D25-D31. |
| References_xml | – reference: 9) Strasser BJ. (2008) Genetics. GenBank--Natural history in the 21st Century? Science 322: 537-538. – reference: 3) Tanizawa Y, Fujisawa T, Kaminuma E, Nakamura Y., Arita M. (2016) DFAST and DAGA: Web-based integrated genome annotation tools and resources. Biosci Microbiota Food Health 35: 173-184. – reference: 7) Yilmaz P, Kottmann R, Field D, Knight R, Cole JR, et al. (2011) Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications. Nat Biotechnol 29: 415-420. – reference: 2) Kajitani R, Toshimoto K, Noguchi H, Toyoda A, Ogura Y, et al. (2014) Efficient de novo assembly of highly heterozygous genomes from whole-genome shotgun short reads. Genome Res 24: 1384-1395. – reference: 4) Mashima J, Kodama Y, Fujisawa T, Katayama T, Okuda Y, et al. (2017) DNA Data Bank of Japan. Nucleic Acids Res 45: D25-D31. – reference: 8) 谷澤靖洋，真島, 淳，藤澤貴智，李, 慶範，中村保一，清水謙多郎，門田幸二（2017）次世代シーケンサーデータの解析手法：第 9 回ゲノムアノテーションとその可視化、DDBJ への登録．日本乳酸菌学会誌 28: 3-11. – reference: 5) Kodama Y, Shumway M, Leinonen R; International Nucleotide Sequence Database Collaboration. (2012) The Sequence Read Archive: explosive growth of sequencing data. Nucleic Acids Res 40: D54-56. – reference: 1) Tanasupawat S, Shida O, Okada S, Komagata K. (2000) Lactobacillus acidipiscis sp. nov. and Weissella thailandensis sp. nov., isolated from fermented fish in Thailand. Int J Syst Evol Microbiol 50: 1479-1485. – reference: 6) Benson DA, Cavanaugh M, Clark K, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ. (2017) GenBank. Nucleic Acids Res 45: D37-D42. |
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| SourceID | jstage |
| SourceType | Publisher |
| StartPage | 94 |
| SubjectTerms | D-way DDBJ INSDC JCM MSS |
| Title | 次世代シーケンサーデータの解析手法 第 10 回 DDBJ への塩基配列の登録（実践編） |
| URI | https://www.jstage.jst.go.jp/article/jslab/28/2/28_94/_article/-char/ja |
| Volume | 28 |
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| ispartofPNX | 日本乳酸菌学会誌, 2017/06/26, Vol.28(2), pp.94-100 |
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