次世代シーケンサーデータの解析手法 第 9 回 ゲノムアノテーションとその可視化、DDBJ への登録

論文発表は研究の一部である。そして多くの学術雑誌は、論文発表される塩基配列を国際塩基配列データベース（International Nucleotide Sequence Database Collaboration; INSDC）に登録することを義務付けている。この意味において、これまで本連載で述べてきた解析手法に関する事柄とは若干スタンスが異なるが、ゲノム配列の登録作業もまた研究の一環といえる。第 9 回は、前回までに構築したゲノム配列 Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260T の総仕上げとして、染色体複製開始点の同定と回転、ゲノムアノテーション、INSDC...

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Published in日本乳酸菌学会誌 Vol. 28; no. 1; pp. 3 - 11
Main Authors 谷澤, 靖洋, 門田, 幸二, 中村, 保一, 真島, 淳, 藤澤, 貴智, 李, 慶範, 清水, 謙多郎
Format Journal Article
LanguageJapanese
Published 日本乳酸菌学会 10.03.2017
Subjects
annotation
DDBJ
INSDC
replication origin
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ISSN1343-327X
2186-5833
DOI10.4109/jslab.28.3

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Summary:論文発表は研究の一部である。そして多くの学術雑誌は、論文発表される塩基配列を国際塩基配列データベース（International Nucleotide Sequence Database Collaboration; INSDC）に登録することを義務付けている。この意味において、これまで本連載で述べてきた解析手法に関する事柄とは若干スタンスが異なるが、ゲノム配列の登録作業もまた研究の一環といえる。第 9 回は、前回までに構築したゲノム配列 Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260T の総仕上げとして、染色体複製開始点の同定と回転、ゲノムアノテーション、INSDC を構成する日米欧三極の一つであるDNA Data Bank of Japan（DDBJ）への登録、そしてDNAPlotter を用いたアノテーション結果の描画について解説する。ウェブサイト（Rで）塩基配列解析（URL: http:// www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html）中に本連載をまとめた項目（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_book_ JSLAB）が存在する。ウェブ資料（以下、W）や関連ウェブサイトなどを効率的に活用してほしい。
ISSN:1343-327X
2186-5833
DOI:10.4109/jslab.28.3