α,α-ジ置換アミノ酸イソバリンおよびジエチルグリシンより構成されるホモペプチドの分子力学法によるコンフォメーション解析

• Published in: JCPE Journal Vol. 11; no. 3; pp. 185 - 190
• Main Authors: 田中, 正一, 宮田, 直樹, 末宗, 洋, 今若, 直人, 栗原, 正明
• Format: Journal Article
• Language: English; Japanese
• Published: 日本コンピュータ化学会 31.12.1999
• ISSN: 1344-9826; 1883-8367
• DOI: 10.14827/jccj1999.11.185

α,α-ジ置換アミノ酸であるイソバリンおよびジエチルグリシンよりそれぞれ合成したホモペプチドの分子力学法によるコンフォメーションサーチを,Macro Model＆reg;のモンテカルロ法を用いて行った。力場としてAMBER*を用いた場合,両ペプチドとも最安定構造として310-ヘリックスを与えた。これはX線構造解析の構造とよい一致を示した。また,力場としてMMFFを用いた場合に,ジエチルリシンのホモペプチドの最安定構造はプラナーな構造を与えた。これは,溶液中での構造がプラナーであることと一致した。