生体分子系のための定量的粗視化分子力場の開発

• Published in: アンサンブル Vol. 26; no. 3; pp. 276 - 280
• Main Author: 宮崎 裕介
• Format: Journal Article
• Language: Japanese
• Published: 分子シミュレーション学会 31.07.2024
• Subjects: SPICA力場; タンパク質; 分子動力学法; 粗視化分子モデリング; 脂質膜
• ISSN: 1884-6750; 1884-5088
• DOI: 10.11436/mssj.26.276

粗視化分子シミュレーションは，全原子シミュレーションでは到達できない時間および空間スケールの現象を解析するために有用なツールである．本稿では，生体分子系を対象に開発した粗視化分子力場について紹介する．粗視化分子力場の開発では，参照データとして全原子シミュレーションから取得したデータと実験データの両方を使用し，ボトムアップとトップダウンを組み合わせたアプローチを用いていた．完成した粗視化分子力場では，アミノ酸の膜透過自由エネルギーや膜表在タンパク質のアンカリング，膜貫通タンパクの二量化自由エネルギーなどの全原子シミュレーションによる計算値や実験値をよく再現することを確認し，膜タンパク系について定量的な解析が可能な粗視化分子力場の構築に成功した．