Unraveling the Viral World: A Review of Viral Discoveries and Virome Analysis Using Metagenomic Data
ウイルスはヒトの体内をはじめとする地球上の様々な場所に存在し、バイロームを構成する。このバイロームを解析するのにはメタゲノムデータまたはメタトランスクリプトームデータを用い、バイオインフォマティクス技術を駆使したウイルスゲノムの網羅的探索が必要となる。ウイルスゲノムの探索には既知のウイルスゲノム配列を基にした相同性検索に加え、近年では様々な手法が用いられるようになった。さらに、こうして探索された多数のウイルスゲノムを基に、バイロームを構成するウイルス組成や宿主との関連性が調べられている。本稿ではウイルスの探索とバイローム解析に使われるバイオインフォマティクス解析手法を紹介し、バイローム研究結果...
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| Published in | JSBi Bioinformatics Review Vol. 4; no. 2; pp. 68 - 80 |
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| Main Authors | , |
| Format | Journal Article |
| Language | Japanese |
| Published |
Japanese Society for Bioinformatics
2023
特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 |
| Online Access | Get full text |
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| Abstract | ウイルスはヒトの体内をはじめとする地球上の様々な場所に存在し、バイロームを構成する。このバイロームを解析するのにはメタゲノムデータまたはメタトランスクリプトームデータを用い、バイオインフォマティクス技術を駆使したウイルスゲノムの網羅的探索が必要となる。ウイルスゲノムの探索には既知のウイルスゲノム配列を基にした相同性検索に加え、近年では様々な手法が用いられるようになった。さらに、こうして探索された多数のウイルスゲノムを基に、バイロームを構成するウイルス組成や宿主との関連性が調べられている。本稿ではウイルスの探索とバイローム解析に使われるバイオインフォマティクス解析手法を紹介し、バイローム研究結果の概要や問題点などを概説する。 |
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| AbstractList | ウイルスはヒトの体内をはじめとする地球上の様々な場所に存在し、バイロームを構成する。このバイロームを解析するのにはメタゲノムデータまたはメタトランスクリプトームデータを用い、バイオインフォマティクス技術を駆使したウイルスゲノムの網羅的探索が必要となる。ウイルスゲノムの探索には既知のウイルスゲノム配列を基にした相同性検索に加え、近年では様々な手法が用いられるようになった。さらに、こうして探索された多数のウイルスゲノムを基に、バイロームを構成するウイルス組成や宿主との関連性が調べられている。本稿ではウイルスの探索とバイローム解析に使われるバイオインフォマティクス解析手法を紹介し、バイローム研究結果の概要や問題点などを概説する。 |
| Author | Nishimura Luca Inoue Ituro |
| Author_FL | 西村 瑠佳 井ノ上 逸朗 |
| Author_FL_xml | – sequence: 1 fullname: 西村 瑠佳 – sequence: 2 fullname: 井ノ上 逸朗 |
| Author_xml | – sequence: 1 orcidid: 0000-0003-2144-7867 fullname: Nishimura Luca organization: 総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻 | Department of Genetics, School of Life Science, The Graduate University for Advanced Studies (SOKENDAI) | 国立遺伝学研究所 人類遺伝研究室 | Human Genetics Laboratory, National Institute of Genetics – sequence: 2 orcidid: 0000-0003-1706-8493 fullname: Inoue Ituro organization: 国立遺伝学研究所 人類遺伝研究室 | Human Genetics Laboratory, National Institute of Genetics |
| BackLink | https://cir.nii.ac.jp/crid/1390579454815058176$$DView record in CiNii |
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| ContentType | Journal Article |
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| DOI | 10.11234/jsbibr.2023.primer5 |
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| DocumentTitleAlternate | メタゲノムデータからのウイルス探索とバイローム構築 |
| DocumentTitle_FL | メタゲノムデータからのウイルス探索とバイローム構築 |
| EISSN | 2435-7022 |
| EndPage | 80 |
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| Issue | 2 |
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| PublicationTitle | JSBi Bioinformatics Review |
| PublicationTitleAlternate | JSBi Bioinformatics Review |
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| PublicationYear | 2023 |
| Publisher | Japanese Society for Bioinformatics 特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 |
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| Title | Unraveling the Viral World: A Review of Viral Discoveries and Virome Analysis Using Metagenomic Data |
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