抗中性粒细胞胞质抗体相关性血管炎伴肾损伤中铁死亡亚型和免疫特征的综合分析

目的 探究抗中性粒细胞胞质抗体(anti-neutrophil cytoplasmic antibodies,ANCA)相关性血管炎(anca-associated vasculitis,AAV)伴肾损伤中铁死亡亚型及在免疫微环境的作用,为开发新的免疫治疗提供基础.方法 从GEO数据库下载关于AAV的肾脏数据集.基于差异表达的结果上,共识聚类算法用于铁死亡亚型的鉴定.采用单样本基因集富集分析和基因集变异分析算法来评估亚型的免疫浸润和信号通路.进一步由LASSO、SVM-RFE算法筛选关键的铁死亡特征基因(ferroptosis related genes,FRGs),并由独立数据集进行验证.C...

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Published inLinchuang Shenzangbing Zazhi Vol. 23; no. 11; pp. 921 - 931
Main Authors 陶密, 耿明慧, 黎煜研, 何一晴, 廖文文, 吴小燕, 高苹
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 武汉大学中南医院肾内科,武汉 430071 2023
Editorial Department of Journal of Clinical Nephrology
Subjects
计算生物学
抗中性粒细胞胞浆抗体相关性血管炎
Ferropto-sis
Immune characteristics
免疫特征
肾损伤
铁死亡
Anti-neutrophil cytoplasmic antibody-associated vasculitis
Kidney injury
Computational biology
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ISSN1671-2390
DOI10.3969/j.issn.1671-2390.2023.11.007

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Summary:目的 探究抗中性粒细胞胞质抗体(anti-neutrophil cytoplasmic antibodies,ANCA)相关性血管炎(anca-associated vasculitis,AAV)伴肾损伤中铁死亡亚型及在免疫微环境的作用,为开发新的免疫治疗提供基础.方法 从GEO数据库下载关于AAV的肾脏数据集.基于差异表达的结果上,共识聚类算法用于铁死亡亚型的鉴定.采用单样本基因集富集分析和基因集变异分析算法来评估亚型的免疫浸润和信号通路.进一步由LASSO、SVM-RFE算法筛选关键的铁死亡特征基因(ferroptosis related genes,FRGs),并由独立数据集进行验证.CIBERSORT用于评估FRGs的浸润免疫细胞的丰度.最后,由rsm包构建FRGs的临床诊断性模型,使用Nephroseq V5 数据库分析FRGs与肾功能之间的相关性.结果 24个铁死亡相关基因在AAV伴肾损伤中显著差异表达,无监督聚类分析确定了两种不同铁死亡亚型,其在基因表达、免疫浸润、生物功能通路上存在显著差异.进一步筛选了一个由ALOX5、CD44、CRYAB、TP53和FTH1组成的FRGs集,其可有效地区分AAV伴肾损伤和正常对照组.趋化因子受体、巨噬细胞和HLA等与FRGs呈显著正相关.由FRGs构建的临床诊断模型的受试者工作特征曲线的曲线下面积为 0.961,而且其与肾小球滤过率均呈负相关;除了CRYAB、FTH1外,其他FRGs与血肌酐均呈正相关,表明它们可能与AAV的肾损伤密切相关,是预后生物标志物.结论 本研究发现AAV伴肾损伤中铁死亡与免疫微环境密切相关,为更好地了解铁死亡模式而开发新的AAV伴肾损伤的治疗方案奠定了基础.
ISSN:1671-2390
DOI:10.3969/j.issn.1671-2390.2023.11.007