Genetic diversity of ecuadorian cocoa from the germplasm bank of Tenguel-Guayas Ecuador based in snp’s
The genetic diversity and structure of 80 cocoa introductions of Theobroma cacao L. Nacional variety existing in the farm “La Buseta”, Tenguel-Guayas, Ecuador, was studied. The characterization included 19 controls and the use of 96 markers of simple nucleotide polymorphisms (SNPs), in the Fluidigm...
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Published in | Bioagro Vol. 32; no. 2; pp. 75 - 86 |
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Main Authors | , , , , , , , |
Format | Journal Article |
Language | English |
Published |
2020
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Summary: | The genetic diversity and structure of 80 cocoa introductions of Theobroma cacao L. Nacional variety existing in the farm “La
Buseta”, Tenguel-Guayas, Ecuador, was studied. The characterization included 19 controls and the use of 96 markers of simple
nucleotide polymorphisms (SNPs), in the Fluidigm EP1 system platform. The SNPs showed to be informative, with a mean
content of polymorphic information of 0.289, and an average observed heterozygosity of 0.479 and expected heterozygosity of
0.378. The genetic profiles of the introductions were obtained from which 16 groups of identical introductions were identified.
The identity probability analysis, including siblings (PIsib), concluded that the SNPs were enough to differentiate the
introductions. The average of heterozygosity of the samples was 0.432 being higher in the group F (0.646) and lower in the group
P (0.253). The Criollo and Contamana genotyping controls showed greater genetic distance than the Trinitario, Forastero and
Ecuadorian Criollo controls. The maximum genetic distance between the introductions was 0.167. The results are consistent with
the history of cultivation of the Nacional cacao, which over time received genetic contributions from other varieties. The present
study constitutes a significant advance in the knowledge of the genetic diversity of Ecuador's Nacional cacao.
Additional keywords: Genetic diversity, germplasm, molecular markers, SNPs
Se estudió la diversidad genética y estructura de 80 introducciones de Theobroma cacao L. ‘Nacional’ existente en la finca “La
Buseta”, Tenguel-Guayas, Ecuador. La caracterización incluyó 19 controles y 96 marcadores de polimorfismo de nucleótidos
simples (SNP), en la plataforma del sistema Fluidigm EP1. Los SNP’s mostraron información polimórfica de 0,289 y 0,395; con
heterocigosidad observada de 0,479 y esperada de 0,378. Se obtuvieron los perfiles genéticos de las introducciones, a partir de los
cuales se identificaron 16 grupos de introducciones idénticas. El análisis de probabilidad de identidad, incluyendo hermanos
(PIsib), concluyó que los SNP’s fueron suficientes para diferenciar las introducciones. El promedio de heterocigosidad de las
muestras fue de 0,432 siendo mayor en el grupo F (0,646) y menor en el grupo P (0,253). Los controles de genotipeo Criollo y
Contamana, mostraron mayor distancia genética que los controles Trinitario, Forastero y Criollo ecuatoriano. La distancia
genética máxima entre las introducciones fue de 0,167. Los resultados son consistentes con la historia del cultivo del cacao
Nacional, el cual a lo largo del tiempo recibió contribuciones genéticas de otras variedades. El presente estudio constituye un
avance significativo en el conocimiento de la diversidad genética del cacao Nacional de Ecuador.
Palabras clave adicionales: Diversidad genética, germoplasma, marcadores moleculares, SNPs |
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ISSN: | 2521-9693 1316-3361 |