基于简化基因组测序的麋鹿遗传资源多样性及种群结构分析

Q953; 奠基者效应会打破种群遗传结构,使原有种群动态特征失去平衡,加剧遗传多样性的丧失,严重影响物种重引入的遗传多样性和遗传结构.中国麋鹿(Elaphurus davidianus)奠基种群为北京南海子麋鹿苑和江苏大丰麋鹿国家级自然保护区两大种群.为分析中国麋鹿奠基者效应,探究资源遗传多样性及种群结构,揭示中国麋鹿适应环境的遗传机制,以中国两大麋鹿奠基种群为研究对象,基于简化基因组测序,研究北京和江苏2个地区麋鹿的遗传多样性、种群遗传结构及亲缘关系.结果表明:2个种群(18只)共筛选出高质量多态性SNP位点1 456 457个;北京麋鹿苑、江苏大丰的麋鹿观测杂合度分别为0.59～0.68和...

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Published in野生动物学报 Vol. 44; no. 4; pp. 788 - 797
Main Authors 张树苗, 田恒玖, 李夷平, 陈颀, 李俊芳, 李林, 郭青云, 王立波, 程志斌, 白加德
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 北京麋鹿生态实验中心,北京,100076%北京松山国家级自然保护区,北京,102115%江苏省大丰麋鹿国家级自然保护区管理处,盐城,224136 01.11.2023
Editorial Department of Chinese Journal of Wildlife
Subjects
SNP标记
基因组测序
遗传多样性
遗传结构
麋鹿
Père David's deer(Elaphurus davidianus)
遗传多样性
Genome sequencing
基因组测序
Genetic structure
麋鹿
SNP markers
Genetic diversity
SNP标记
遗传结构
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ISSN2310-1490
DOI10.12375/ysdwxb.20230408

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Summary:Q953; 奠基者效应会打破种群遗传结构,使原有种群动态特征失去平衡,加剧遗传多样性的丧失,严重影响物种重引入的遗传多样性和遗传结构.中国麋鹿(Elaphurus davidianus)奠基种群为北京南海子麋鹿苑和江苏大丰麋鹿国家级自然保护区两大种群.为分析中国麋鹿奠基者效应,探究资源遗传多样性及种群结构,揭示中国麋鹿适应环境的遗传机制,以中国两大麋鹿奠基种群为研究对象,基于简化基因组测序,研究北京和江苏2个地区麋鹿的遗传多样性、种群遗传结构及亲缘关系.结果表明:2个种群(18只)共筛选出高质量多态性SNP位点1 456 457个;北京麋鹿苑、江苏大丰的麋鹿观测杂合度分别为0.59～0.68和0.63～0.71;北京麋鹿苑的麋鹿遗传多样性略低于江苏大丰,奠基者效应导致2个种群的遗传多样性水平较低,且对于不同重引入种群的影响也不相同.通过SNP标记对北京麋鹿苑与江苏大丰2个麋鹿种群进行遗传分化分析,发现2个种群间平均FST 为0.085,表明2个种群间存在中等程度的遗传分化.经neighbor-joining系统发育树和遗传结构分析,进一步验证北京麋鹿苑与江苏大丰的麋鹿已有初步分化的现象,推测可能是2个地区奠基者的遗传差异经随机漂变导致.
ISSN:2310-1490
DOI:10.12375/ysdwxb.20230408