16SrRNA序列分析在沙门氏菌鉴定分型中的应用

目的建立103株28种血清型沙门氏菌16SrRNA的进化树,了解沙门氏菌进化关系,为基于16SrRNA序列分析对沙门氏菌鉴定分型提供理论基础。方法使用细菌基因组DNA提取试剂盒提取细菌DNA,聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增16SrRNA基因片段后进行测序,将序列提交到Genebank和RDP核糖体数据库进行比对,下载相关参考序列,使用MegAlign软件Clustal-V法构建进化树。结果根据16SrRNA同源性能够把103株沙门氏菌聚类成不同群,部分菌株可以鉴定到血清型,部分菌株可以在血清型内进一步区分,虽然与传统血清学分型不能一一对应,但是能...

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Published in食品安全质量检测学报 Vol. 8; no. 11; pp. 4153 - 4160
Main Author 苏远科 王志宏 郭晓燕 吕斐 崔常勇
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 龙口出入境检验检疫局,龙口,265700 2017
Subjects
16SrRNA;进化树;鉴定;分型;溯源
进化树
phylogenetic tree
identification
鉴定
typing
16SrRNA
溯源
traceability
分型
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Summary:目的建立103株28种血清型沙门氏菌16SrRNA的进化树,了解沙门氏菌进化关系,为基于16SrRNA序列分析对沙门氏菌鉴定分型提供理论基础。方法使用细菌基因组DNA提取试剂盒提取细菌DNA,聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增16SrRNA基因片段后进行测序,将序列提交到Genebank和RDP核糖体数据库进行比对,下载相关参考序列,使用MegAlign软件Clustal-V法构建进化树。结果根据16SrRNA同源性能够把103株沙门氏菌聚类成不同群,部分菌株可以鉴定到血清型,部分菌株可以在血清型内进一步区分,虽然与传统血清学分型不能一一对应,但是能形成独立的分型系统。结论 16SrRNA基因序列分析是对沙门氏菌进行鉴定分型及溯源分析的有效方法。
Bibliography:11-5956/TS
SU Yuan-Ke;WANG Zhi-Hong;GUO Xiao-Yan;LV Fei;CUI Chang-Yong;Longkou Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau
ISSN:2095-0381