葡萄EST-SNP位点的信息与特征

为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签（EST）中得到候选单核苷酸多态性（SNP）位点，从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42493条，利用CAP3软件拼接得到6126个重叠群（contig），将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选；同时，为提高候选SNP位点的可靠度，降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发sNP的假阴性率，设置候选sNP位点的次要等位基因频率至少为30％，sNP侧翼序列保守度至少为5bp．结果表明：仅在1195个contig中存在候选SNP位点，共5032个，其中包括1800个颠换类型，2896...

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Published in浙江大学学报（农业与生命科学版） Vol. 38; no. 3; pp. 263 - 270
Main Author 李猛 郭大龙 刘崇怀 张国海 侯小改
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 河南科技大学 林学院,河南 洛阳,471003%中国农业科学院 郑州果树研究所,河南 郑州,450009%河南科技大学 农学院,河南 洛阳,471003 2012
Subjects
单核苷酸多态性
筛选原则
葡萄
表达序列标签
筛选原则
葡萄
表达序列标签
单核苷酸多态性
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ISSN1008-9209
DOI10.3785/j.issn.1008-9209.2012.03.005

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Summary:为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签（EST）中得到候选单核苷酸多态性（SNP）位点，从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42493条，利用CAP3软件拼接得到6126个重叠群（contig），将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选；同时，为提高候选SNP位点的可靠度，降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发sNP的假阴性率，设置候选sNP位点的次要等位基因频率至少为30％，sNP侧翼序列保守度至少为5bp．结果表明：仅在1195个contig中存在候选SNP位点，共5032个，其中包括1800个颠换类型，2896个转换类型，336个单碱基的插入与缺失（indel），SNP的平均出现频率为4．2SNP．contig-1．利用CAPS（酶切扩增多态序列）分子标记和重测序方法对其中几个候选sNP位点进行验证表明，符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP住点检测结果较好，可靠度最高．
Bibliography:33-1247/S
Vitis vinifera L. ; expressed sequence tags （EST） ; single nucleotide polymorphism （SNP） ;filtration principle
LI MengI, GUO Da-long1, LIU Chong-huai2, ZHANG Guo-haiI, HOU Xiao-gai3 （1. College of Forestry, Renan University of Science ~ Technology, Luoyang, Renan 471003, China; 2. Zhengzhou Fruit Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Zhengzhou 450009, China; 3. College of Agriculture, Henan University of Science ~ Technology, Luoyang, Henan 471003, China）
Aiming to mine candidate single nucleotide polymorphism （SNP） loci by aligning homologous expressed sequence tags （EST） using bioinformatics software, 42 493 EST sequences were retrieved from different tissues of nine different grape genotypes in NCBI dbEST database and assembled into 6 126 contigs by CAP3 software, then candidate SNP loci of the contigs were screened by QualitySNP software. Meanwhile, in order to improve the reliability of mined candidate SNP and reduce false positive in small contig sizes and false negative i
ISSN:1008-9209
DOI:10.3785/j.issn.1008-9209.2012.03.005