变异链球菌SMU.2055蛋白晶体结构及其小分子抑制剂设计与筛选

目的：研究变异链球菌UA159中SMU.2055蛋白的三维晶体结构，并基于其结构进行小分子抑制剂的设计与筛选。方法运用结构基因组学研究方法，通过基因克隆和表达、蛋白质纯化、晶体筛选、晶体衍射数据收集，解析SMU.2055蛋白三维晶体结构，并运用计算机辅助药物设计方法，利用Libdock、Autodock两种程序，通过虚拟筛选和精确对接方式，建立与SMU.2055结构相匹配的小分子抑制剂虚拟模型。结果获得SMU.2055蛋白结晶，解析SMU.2055蛋白三维晶体结构，晶体衍射率为0.23 nm，属于C2221空间群，晶胞参数为a=9.20 nm，b=9.46 nm，c=19.39 nm，溶剂体积...

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Published in华西口腔医学杂志 Vol. 33; no. 2; pp. 182 - 186
Main Author 陈晓丹 展秀荣 吴昕彧 赵春燕 赵望泓
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 南方医科大学南方医院口腔科，南方医科大学口腔医学院，广州 510515%南开大学口腔医院·天津市口腔医院牙体牙髓病科，天津 300041%兰州大学药学院,兰州,730000 2015
Subjects
变异链球菌
小分子抑制剂
蛋白质晶体学
small molecule inhibitors
小分子抑制剂
蛋白质晶体学
protein crystallo-graphy
变异链球菌
Streptococcus mutans
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ISSN1000-1182
DOI10.7518/hxkq.2015.02.016

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Summary:目的：研究变异链球菌UA159中SMU.2055蛋白的三维晶体结构，并基于其结构进行小分子抑制剂的设计与筛选。方法运用结构基因组学研究方法，通过基因克隆和表达、蛋白质纯化、晶体筛选、晶体衍射数据收集，解析SMU.2055蛋白三维晶体结构，并运用计算机辅助药物设计方法，利用Libdock、Autodock两种程序，通过虚拟筛选和精确对接方式，建立与SMU.2055结构相匹配的小分子抑制剂虚拟模型。结果获得SMU.2055蛋白结晶，解析SMU.2055蛋白三维晶体结构，晶体衍射率为0.23 nm，属于C2221空间群，晶胞参数为a=9.20 nm，b=9.46 nm，c=19.39 nm，溶剂体积分数为56.7%。设计并筛选出与SMU.2055蛋白结构匹配度高的5个小分子化合物。结论变异链球菌SMU.2055蛋白质晶体学研究有助于从分子水平上深入了解变异链球菌蛋白质的结构和功能，筛选出的5个小分子化合物可能成为SMU.2055的有效小分子抑制剂，所建立的小分子抑制剂虚拟模型为基于蛋白质结构的防龋研究奠定基础。
Bibliography:51-1169/R
Streptococcus mutans;protein crystallo-graphy;small molecule inhibitors
Chen Xiaodan, Zhan Xiurong, Wu Xinyu, Zhao Chunyan, Zhao Wanghong （1. Dept. of Stomatology, Nanfang Hospital, Southern Medical University; School of Stomatology, Southern Medical University, Guangzhou 510515, China; 2. Dept. of Endodontics, Tianjin Stomatologieal Hospital, Stomatological Hospital of Nankai University, Tianjin 300041, China,3. College of Pharmacy, Lanzhou Universtity, Lanzhou 730000, China）
Objective The aim of this study is to analyze the three-dimensional crystal structure of SMU.2055 protein, a putative acetyltransferase from the major caries pathogen Streptococcus mutans （S. mutans）. The design and selection of the structure-based small molecule inhibitors are also studied. Methods The three-dimensional crystal structure of SMU.2055 protein was obtained by structural genomics research methods of gene cloning and expression, protein purification with Ni2＋- chelating affinity chromatography, crystal screening, and
ISSN:1000-1182
DOI:10.7518/hxkq.2015.02.016