紫云英ISSR引物的筛选及PCR反应体系的优化

以紫云英为研究材料,用哥伦比亚大学（UBC）公布的100条ISSR引物和11种株系紫云英品种的DNA为模板进行PCR扩增,筛选出33条扩增条带较好的ISSR引物,对其中的ISSR引物进行梯度PCR,筛选出最佳的退火温度。再采用正交试验和单因素试验相结合的方法对紫云英ISSR-PCR反应体系的5种因素（模板、Mg2＋、TaqDNA聚合酶、dNTP及引物）进行优化浓度。确立了适合紫云英的ISSR分析的反应体系。在25μl反应体系中,其反应浓度为：DNA模版50.00ng,Mg2＋2.00mol/L,Taq聚合酶1.0 U,dNTP 0.25mmol/L,引物0.20μmol/L,2.5μl 10×...

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Published in植物遗传资源学报 Vol. 13; no. 5; pp. 870 - 878
Main Author 孙清信 陈坚 张辉 祁建民 林忠平 胡鸢雷 林新坚
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 北京大学生命科学院,北京100871%福建省农业科学院,福州,350003%福建农林大学生命科学院,福州,350002%北京大学生命科学院,北京,100871 2012
福建省农业科学院,福州350003
福建农林大学生命科学院,福州350002
Subjects
ISSR引物
体系优化
正交试验
紫云英
退火温度
体系优化
退火温度
正交试验
ISSR引物
紫云英
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ISSN1672-1810
DOI10.3969/j.issn.1672-1810.2012.05.027

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Summary:以紫云英为研究材料,用哥伦比亚大学（UBC）公布的100条ISSR引物和11种株系紫云英品种的DNA为模板进行PCR扩增,筛选出33条扩增条带较好的ISSR引物,对其中的ISSR引物进行梯度PCR,筛选出最佳的退火温度。再采用正交试验和单因素试验相结合的方法对紫云英ISSR-PCR反应体系的5种因素（模板、Mg2＋、TaqDNA聚合酶、dNTP及引物）进行优化浓度。确立了适合紫云英的ISSR分析的反应体系。在25μl反应体系中,其反应浓度为：DNA模版50.00ng,Mg2＋2.00mol/L,Taq聚合酶1.0 U,dNTP 0.25mmol/L,引物0.20μmol/L,2.5μl 10×buffer。本试验为以后利用ISSR技术进行紫云英遗传多样性分析和物种保护奠定了技术基础。
Bibliography:Astragalus sinicus L.; Annealing temperature; Primers of ISSR; Orthogonal design; System optimization
SUN Qing-xin ,CHEN Jian,ZHANG Hui,QI Jian-min,LIN Zhong-ping,HU Yuan-lei,LIN Xin-jian（1Fujian Academy of Agricultural Sciences,Fuzhou 350003,2College of Life Sciences,Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002,3College of Life Sciences,Peking University,Beijing 100871）
The factors that affecting the ISSR（inter-simple sequence repeat）result of Astragalus sinicus L.were researched.We studied and selected 33 ISSR primers which can amplify bands from the DNA of Astragalus sinicus L.and the 33 ISSR primers all from the ISSR primers published by Columbia University.By setting the temperature gradient,the available primers′best annealing temperature were explored.The effect of the five main reaction elements（Mg2＋,TaqDNA polymerase,dNTP、template and primer）on ISSR-PCR were all optimized by combining single factor experiments and orthogonal test mathed.Then we established the best ISSR-PCR reaction system
ISSN:1672-1810
DOI:10.3969/j.issn.1672-1810.2012.05.027