用于荔枝qPCR分析的内参基因克隆及稳定性分析

利用基因克隆和测序，从‘妃子笑’荔枝果皮中获得了β-Actin、GAPDH和18SrRNA3个qPCR分析常用的内参基因全长序列，其长度分别为1273、1368和1712bp；3个基因与其他物种高度同源，氨基酸序列相似性均超过了98％．在此基础上，结合已报道的UBQ、eEF和25SrRNA3个常用的内参基因，对β-Actin、GAPDH、18SrRNA，UBQ、eEF和25SrRNA6个常用内参基因在荔枝果实发育不同阶段和外源生长调节剂处理后表达稳定性进行了分析，同时比较了geNorm、NormFinder和BestKeeper3种不同算法的差异．结果表明：以上6个基因中，β—Actin基因在...

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Published in华南农业大学学报 Vol. 33; no. 3; pp. 301 - 306
Main Author 魏永赞 赖彪 胡福初 李晓静 胡桂兵 王惠聪
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 华南农业大学园艺学院,南方果树生理研究室,广东广州510642 2012
中国热带农业科学院南亚热带作物研究所,广东湛江524091%华南农业大学园艺学院,南方果树生理研究室,广东广州510642%华南农业大学园艺学院,南方果树生理研究室,广东广州510642
海南省农业科学院果树研究所,海南海口571100
Subjects
qPCR
克隆
内参基因
稳定性分析
荔枝
内参基因
克隆
荔枝
qPCR
稳定性分析
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ISSN1001-411X
DOI10.3969/j.issn.1001-411X.2012.03.006

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Summary:利用基因克隆和测序，从‘妃子笑’荔枝果皮中获得了β-Actin、GAPDH和18SrRNA3个qPCR分析常用的内参基因全长序列，其长度分别为1273、1368和1712bp；3个基因与其他物种高度同源，氨基酸序列相似性均超过了98％．在此基础上，结合已报道的UBQ、eEF和25SrRNA3个常用的内参基因，对β-Actin、GAPDH、18SrRNA，UBQ、eEF和25SrRNA6个常用内参基因在荔枝果实发育不同阶段和外源生长调节剂处理后表达稳定性进行了分析，同时比较了geNorm、NormFinder和BestKeeper3种不同算法的差异．结果表明：以上6个基因中，β—Actin基因在3种不同算法下均保持了较好的表达稳定性．
Bibliography:Litchi chinensis ; qPCR ; reference genes ; cloning ; stability analysis
WEI Yong-zan LAI Biao HU Fu-chu LI Xiao-jing HU Gui-bing WANG Hui-cong（ 1 Physiological Laboratory for South China Fruits, College of Horticulture, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China; 2 The South Subtropical Crops Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultur＇,d Sciences, Zhanjiang, 524091, China; 3 Institute of Tropical Fruit Trees, Hainan Academy of Agricultural Sciences, Haikou 571100, China）
44-1110/S
The full-length sequences of β-Actin, GAPDH and 18S rRNA which are frequently used as ref- erence genes in qPCR analysis were obtained from the pericarp of litchi （Litchi chinensis Sonn. cv. Feizixiao） by gene cloning and sequencing. Their sequence lengths were 1 273,1 368 and 1 712 bp, respectively. Sequence analysis showed that the cloned sequences had very high similarity with other species. Furthermore, the stability of six genes, including β-Actin, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase （ GAPDH
ISSN:1001-411X
DOI:10.3969/j.issn.1001-411X.2012.03.006