基于CGE技术的甘蔗SSR-PCR反应体系优化

【目的】优化基于毛细管凝胶电泳（CGE）技术的甘蔗SSR-PCR反应体系,为甘蔗遗传多样性和亲缘关系研究、分子辅助育种及遗传图谱构建提供技术支持。【方法】基于CGE技术,采用正交试验设计,选择dNTPs浓度、DNA聚合酶量、引物浓度和DNA模板量为考察因素进行优化,确定最佳SSR-PCR反应体系,并用于8个甘蔗种质资源材料的遗传多样性分析。【结果】最佳SSR-PCR反应体系（20μL）：dNTPs浓度0.15 mmol/L,DNA聚合酶1.5U,引物浓度0.50μmol/L,DNA模板量25 ng。利用该体系对8份来自不同国家地域的甘蔗种质材料进行遗传多样性分析,发现8对SSR引物共扩增出10...

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Published in南方农业学报 Vol. 47; no. 9; pp. 1463 - 1469
Main Author 桂意云 陈忠良 秦翠鲜 汪淼 刘丽敏 李杨瑞 黄东亮
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 广西农业科学院 甘蔗研究所/中国农业科学院 甘蔗研究中心/广西甘蔗遗传改良重点实验室/农业部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室,南宁,530007 2016
Subjects
SSR分子标记
反应体系
毛细管凝胶电泳（CGE）
甘蔗
遗传分析
甘蔗
SSR molecular marker
毛细管凝胶电泳(CGE)
遗传分析
genetic analysis
reaction system
反应体系
capillary gel electrophoresis(CGE)
SSR分子标记
sugarcane
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Summary:【目的】优化基于毛细管凝胶电泳（CGE）技术的甘蔗SSR-PCR反应体系,为甘蔗遗传多样性和亲缘关系研究、分子辅助育种及遗传图谱构建提供技术支持。【方法】基于CGE技术,采用正交试验设计,选择dNTPs浓度、DNA聚合酶量、引物浓度和DNA模板量为考察因素进行优化,确定最佳SSR-PCR反应体系,并用于8个甘蔗种质资源材料的遗传多样性分析。【结果】最佳SSR-PCR反应体系（20μL）：dNTPs浓度0.15 mmol/L,DNA聚合酶1.5U,引物浓度0.50μmol/L,DNA模板量25 ng。利用该体系对8份来自不同国家地域的甘蔗种质材料进行遗传多样性分析,发现8对SSR引物共扩增出101个片段,其中多态性片段为93个,多态性比率为92.1%。聚类分析结果表明,参试材料间的遗传相似性系数为0.521-0.871,在相似性系数为0.614处,所有参试材料可分为两大类,3份国外种质材料PINDAR、CP72-1210、CP84-1198与ROC20、GT69-156聚为一类;而ROC26、GT02-237和GT97-69聚为另一类。【结论】基于CGE技术的SSR-PCR反应体系检测结果稳定,重复性好,适用于甘蔗的遗传分析及遗传作图。
Bibliography:GUI Yi-yun, CHEN Zhong-liang, QIN Cui-xian, WANG Miao, LIU Li-min, LI Yang-rui, HUANG Dong-liang （Sugarcane Research Institute, Guangxi Academy of Agricultural Sciences/Sugarcane Research Center, Chinese Academy of Agricuhural Sciences/Guangxi Key Laboratory of Sugarcane GeneticImprovement/Guangxi Key Laboratory of Sugarcane Biotechnology and Genetic Improvement, Ministry of Agriculture, Nanning 530007, China）
[Objective]SSR-PCR reaction system of sugarcane based on capillary gel electrophoresis（CGE） technology was optimized to provide technical support for research on genetic diversity and genetic relationship, molecular-assisted breeding and genetic map construction of sugarcane. [Method]Four factors affecting SSR-PCR were optimized by orthogonal exprement based on CGE technology, including dNTPs concentration, primer concentration, Taq DNA polymerase amount and DNA template amount. Then the optimal SSR-PCR reaction system was confirmed and applied to genetic analysis of 8 sugarcane germplasm resources. [Res
ISSN:2095-1191
DOI:10.3969/jissn.2095-1191.2016.09.1463