应用克隆文库构建法研究枇杷根系AMF多样性

【目的】为进一步探寻和利用宝贵的AMF资源提供有效的研究方法。【方法】在昆明学院随机采集枇杷根系作为实验样品,采用CTAB法提取根系DNA,进行18S r DNA PCR扩增,产物连接转入大肠杆菌JM109受体,建立18S rRNA部分基因克隆文库。从文库中随机选取35个白色克隆子,经鉴定,获得30个阳性克隆子,将阳性克隆子测序。运用Mothur等软件分析阳性克隆子序列,确定9条差异序列,为不同的AMF序列。【结果】克隆文库的Coverage C值为93.3%,克隆文库的Shannon-Wiener指数为2.079,Simpson指数为0.87,且Rarefaction曲线比较饱和。9个序列分...

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Published in西南农业学报 Vol. 30; no. 5; pp. 1009 - 1015
Main Author 尹利方 任禛 夏体渊 朱维贤 陈泽斌 靳松 颜家亮 赵晓红
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 昆明学院农学院,云南昆明,650214%昆明学院农学院,云南昆明650214 2017
云南省都市特色农业工程技术研究中心,云南昆明650214
云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室,云南昆明650214%昆明市农业科学研究院,云南昆明,650034%昆明学院农学院,云南昆明650214
Subjects
18S
AMF
rRNA基因
克隆文库
枇杷
系统发育分析
Phylogenetic analysis
克隆文库
系统发育分析
18S rRNA基因
AMF
Clone library
Loquat
枇杷
18S rRNA gene
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Summary:【目的】为进一步探寻和利用宝贵的AMF资源提供有效的研究方法。【方法】在昆明学院随机采集枇杷根系作为实验样品,采用CTAB法提取根系DNA,进行18S r DNA PCR扩增,产物连接转入大肠杆菌JM109受体,建立18S rRNA部分基因克隆文库。从文库中随机选取35个白色克隆子,经鉴定,获得30个阳性克隆子,将阳性克隆子测序。运用Mothur等软件分析阳性克隆子序列,确定9条差异序列,为不同的AMF序列。【结果】克隆文库的Coverage C值为93.3%,克隆文库的Shannon-Wiener指数为2.079,Simpson指数为0.87,且Rarefaction曲线比较饱和。9个序列分为了两个不同的类群,代表不同AMF种类;球囊霉属（Glomus）是枇杷根系的主要AMF类群,OUT1和OTU2代表了文库中的主要类型,其中OTU1为根内根生囊霉（Rhizophagus irregularis）;OTU3、OTU4、OTU5和OTU6代表着文库中的常见类型;其余序列则为枇杷根系中的少见或稀有AMF类型。【结论】球囊霉属（Glomus）是枇杷根系的主要AMF类型,其中根内根生囊霉（Rhizophagus irregularis）为优势AMF种类。
Bibliography:51-1213/S
YIN Li-fang , REN Zhen, , XIA Ti-yuan , ZHU Wei-xian, CHEN Ze-bin, JIN Song , YAN Jia-liang , ZHAO Xiao-hong （ 1. Agriculture College, Kunming University, Yunnan Kunming 650214, China; 2. Engineering Research Center for Characteristics Agricul- ture of Yunnan Province, Yunnan Kunming 650214, China; 3. Key Laboratory of Special Biological Resource Development and Utilization of Universities in Yunnan Province, Yunnan Kunming 650214, China; 4. Kunming Academy of Agriculture Science, Yunnan Kunming 650034, China）
Loquat; AMF; Clone library; 18S rRNA gene; Phylogenetic analysis
[ Objective] This study aimed to find the effective research methods for exploring and utilizing valuable AMF resources. [ Method] The roots of loquat were collected randomly as experimental samples from Kunming University. The 18S rRNA partial gene clone library was established by connected DNA which used the CTAB method and amplified to Escherichia coil JM109. 30 positive clones that were selected randomly from 35 white clones in
ISSN:1001-4829
DOI:10.16213/j.cnki.scjas.2017.5.005