灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成

• Published in: Xinan nongye xuebao Vol. 19; no. 1; pp. 131 - 135
• Main Author: 刘林 李成云 杨静 业艳芬 李进斌 周晓罡 王云月 朱有勇
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 云南农业大学教育部生物多样性与病虫害控制重点实验室,云南,昆明,650201%云南省农业科学院农业环境资源研究所,云南,昆明,650205%云南省农业科学院生物技术研究所,云南,昆明,650223 2006
• Subjects: 分子标记; 分布; 微卫星或简单重复序列; 频率; 微卫星或简单重复序列; 频率; 分子标记; 分布
• ISSN: 1001-4829
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-4829.2006.01.032

本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果，对该真菌基因组中的微卫星（microsatellite）或简单重复序列（simple sequence repeats，SSRs）进行了系统分析。结果表明．在已公布的36．2Mb的基因组序列中，共有7859个SSR序列（长度大于15bp，匹配值大于80％）。SSR的碱基总数达143kh，约占整个基因组碱基数的0．40％，平均4．61kh中就有1个大于15bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR，数量达到3033个。其次为6碱基重复序列（2121个）、5碱基重复序列（1820个），这3种SSR总数达6974个。占SSR总数的84．9％，单碱基重复序列数量最少，仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比，灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。