香蕉枯萎病菌SNF1基因的克隆及生物信息学分析

为了解SNFl基因在香蕉枯萎病菌致病过程中的作用以及FOCl和FOC4两个生理小种之间的致病力差异关系，采用了PCR、RT—PCR的方法扩增了2个生理小种的SNFl基因，测序并采用生物信息学软件对相似序列进行搜索、比对，并对该基因编码的预测蛋白进行氨基酸序列比对和分析。研究结果显示，2个生理小种的ＳＮF1基因的ORF分别为2136、2130bp，二者相差6个碱基，同源性为99．5％。FOC1和FOC4的ＳＮF1基因分别编码711、709个氨基酸，相差两个氨基酸，为丝氨酸（FOC1）和谷氨胺（FOC1）。生物信息学软件预测结果表明该蛋白N端不存在信号肽，但具有两个相同的功能结构域位点，分子量约为...

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Published in广东农业科学 Vol. 39; no. 21; pp. 160 - 164
Main Author 刘一贤 周端咏 毛超 汪军 黄俊生
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所/农业部热带农林有害生物入侵监测与控制重点开放实验室,海南儋州571737%海南大学环境与植物保护学院,海南海口,570100 2012
海南大学环境与植物保护学院,海南海口570100
Subjects
SNF1基因
生理小种
细胞壁降解酶
致病性
香蕉枯萎病菌
致病性
香蕉枯萎病菌
生理小种
细胞壁降解酶
SNF1基因
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Summary:为了解SNFl基因在香蕉枯萎病菌致病过程中的作用以及FOCl和FOC4两个生理小种之间的致病力差异关系，采用了PCR、RT—PCR的方法扩增了2个生理小种的SNFl基因，测序并采用生物信息学软件对相似序列进行搜索、比对，并对该基因编码的预测蛋白进行氨基酸序列比对和分析。研究结果显示，2个生理小种的ＳＮF1基因的ORF分别为2136、2130bp，二者相差6个碱基，同源性为99．5％。FOC1和FOC4的ＳＮF1基因分别编码711、709个氨基酸，相差两个氨基酸，为丝氨酸（FOC1）和谷氨胺（FOC1）。生物信息学软件预测结果表明该蛋白N端不存在信号肽，但具有两个相同的功能结构域位点，分子量约为79ku，pI为6．80。
Bibliography:44-1267/S
LIU Yi-xian, ZHOU Duan-yong, MAO Chao, WANG Jun, HUANG Jun-sheng （1.Environment and Plant Protection Academy, Hainan University, Haikot~ 570100, China; 2.Key Laboratory of Monitoring and Control of Tropical Agricultural and Forest lnvasive Alien Pests, Ministry of Agriculture~ Environment and Plant Protection Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Danzhou 571737, China）
Fusarium oxysporum f. sp. cubense; race; SNF1 gene; cell wall degrading enzymes; pathogenicity
In order to know the roles of SNF1 gene in invasion process of Fusarium oxysporum f.sp. cubense （FOC） into banana plants, and whether it determined the difference in pathogenicity of the race 1 and 4 of FOC to the same banana cuhivar, the SNF1 genes were amplified by polymerase chain reaction and reverse transcription polymerase chain reaction, and the amplification products were then sequenced. After that, the nucleotide sequences of the SNF1 gene and the sequences of their products were aligned using DNAStar Meglignmen
ISSN:1004-874X