蛋白质相互作用网络功能模块检测的研究综述

蛋白质相互作用（Protein-protein interaction，PPI）网络是生命活动中一种极其重要的生物分子关系网络，利用计算方法从PPI网络中检测功能模块是目前生物信息学中一项重要的研究课题．本文首先总结了功能模块检测过程的基本流程，说明了预处理和后处理的作用；其次，提出了一种模块检测方法的分类体系，并对其中一些代表性的检测算法进行了阐述；再次，给出了模块检测常用的数据库、评价指标和相关软件工具，并通过实验对代表性算法进行了性能对比．最后，通过对该领域挑战性问题的分析预测了模块检测未来的研究方向，以期对相关研究提供一定的参考．...

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Bibliographic Details
Published in自动化学报 Vol. 40; no. 4; pp. 577 - 593
Main Author 冀俊忠 刘志军 刘红欣 刘椿年
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 北京工业大学计算机学院多媒体与智能软件技术北京市重点实验室北京 100124 2014
Subjects
分类体系
功能模块检测
性能对比
检测流程
蛋白质相互作用网络
检测流程
classification system
蛋白质相互作用网络
性能对比
functional module detection
功能模块检测
Protein-protein interaction (PPI) network
performance comparisons
detection process
分类体系
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Summary:蛋白质相互作用（Protein-protein interaction，PPI）网络是生命活动中一种极其重要的生物分子关系网络，利用计算方法从PPI网络中检测功能模块是目前生物信息学中一项重要的研究课题．本文首先总结了功能模块检测过程的基本流程，说明了预处理和后处理的作用；其次，提出了一种模块检测方法的分类体系，并对其中一些代表性的检测算法进行了阐述；再次，给出了模块检测常用的数据库、评价指标和相关软件工具，并通过实验对代表性算法进行了性能对比．最后，通过对该领域挑战性问题的分析预测了模块检测未来的研究方向，以期对相关研究提供一定的参考．
Bibliography:Protein-protein interaction （PPI） network, functional module detection, detection process, classificationsystem, performance comparisons
JI Jun-Zhong, LIU Zhi-Jun, LIU Hong-Xin, LIU Chun-Nian（1. Beijing Municipal Key Laboratory of Multimedia and Intelligent Software Technology, College of Computer Science and Technology, Beijing University of Technology, Beijing 100124）
As a bimolecular relationship network, the protein-protein interaction （PPI） network plays an important role in biological activities. Using computational approaches, mining functional modules from a PPI network is currently a challenge in bioinformatics. This paper firstly gives a workflow of detecting functional modules from PPI data, and illustrates the effects of preprocessing and post processing. Next, a systematic category of functional module detection is proposed, and many typical detecting algorithms in each category are described. And then, the paper lists some public databases, evaluating metrics, related software tools, and experimen
ISSN:0254-4156
1874-1029
DOI:10.3724/SP.J.1004.2014.00577